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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ow2 | ||||||
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タイトル | Japanese encephalitis virus capsid protein | ||||||
要素 | capsid proteinカプシド | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Japanese encephalitis virus (日本脳炎) / capsid (カプシド) / Flavivirus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / カプシド / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / カプシド / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Japanese encephalitis virus (日本脳炎ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Poonsiri, T. / Wright, G.S.A. / Antonyuk, S.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2019 タイトル: Crystal Structure of the Japanese Encephalitis Virus Capsid Protein. 著者: Poonsiri, T. / Wright, G.S.A. / Solomon, T. / Antonyuk, S.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ow2.cif.gz | 45.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ow2.ent.gz | 30.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ow2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/5ow2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ow/5ow2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1sfkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 26 - 98 / Label seq-ID: 33 - 105
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12398.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Japanese encephalitis virus (strain SA-14) (日本脳炎) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P27395 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-FLC / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: needle |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 18% v/v 2-propanol, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 16 % w/v polyethylene glycol 4,000. PH範囲: 5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.928 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.928 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→38.32 Å / Num. obs: 11457 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 37.964 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.44 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.862 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 821 / CC1/2: 0.551 / Rpim(I) all: 0.686 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1sfk 解像度: 1.98→38.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.553 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.161 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.98→38.32 Å
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拘束条件 |
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