PDB-5n9d: Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with GG...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 5n9d

タイトル

Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with GGGTTAGGGT

要素

CG9323, isoform A
DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Helicase DExH ssDNA

機能・相同性

機能・相同性情報

DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / G-quadruplex DNA unwinding / G-quadruplex DNA binding /

DNA helicase activity /

helicase activity / G-quadruplex RNA binding /

RNA helicase activity /

hydrolase activity /

ヘリカーゼ /

ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Chen, W.-F. / Rety, S. / Guo, H.-L. / Wu, W.-Q. / Liu, N.-N. / Liu, Q.-W. / Dai, Y.-X. / Xi, X.-G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Molecular Mechanistic Insights into Drosophila DHX36-Mediated G-Quadruplex Unfolding: A Structure-Based Model.
著者: Chen, W.F. / Rety, S. / Guo, H.L. / Dai, Y.X. / Wu, W.Q. / Liu, N.N. / Auguin, D. / Liu, Q.W. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Xi, X.G.

履歴

登録	2017年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n9d.cif.gz	725.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n9d.ent.gz	600 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n9d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n9d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5n8rSC 5n8sC 5n90C 5n94C 5n96C 5n98C 5n9aC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n9e-1 5n90-2 5n9e-2 5n8r-2 5n9f-1 5n9f-2 5n90-1 5n96-1 5n8s-1 5n8r-1 5n94-2 5n9a-2 5n8z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CG9323, isoform A

B: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')

D: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')

223 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
112 kDa, 2 ポリマー
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2

B: CG9323, isoform A

D: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	305.436, 51.339, 164.947
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CG9323, isoform A / CG9323 / isoform B / GH12763p 分子量: 108401.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG9323, Dmel_CG9323 / プラスミド: pTwin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: Q8SWT2, EC: 3.6.1.3
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPGPGPTPTPAPGPGPGPT)-3') 分子量: 3156.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / Density meas: 54.3 Mg/m³ / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES monohydrate-imidazole 20mM sodium formate 20mM ammonium acetate 20mM sodium citrate tribasic hydrate 20mM sodium oxamate 20mM potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.71→56.68 Å / Num. obs: 63335 / % possible obs: 98.64 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 54.04 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.58
反射シェル	解像度: 2.71→2.807 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.5952 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 6283 / CC_1/2: 0.764 / % possible all: 99.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2427: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N8R

5n8r

解像度: 2.71→56.68 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.95

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2469	3103	4.9 %	5%
R_work	0.1852	-	-	-
obs	0.1882	63325	98.66 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→56.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13748	426	0	127	14301

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	14469
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.173	19626
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.435	8890
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	2206
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2468

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7098-2.7522	0.2939	132	0.245	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7522-2.7973	0.3212	150	0.2381	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7973-2.8455	0.3017	148	0.2413	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8455-2.8973	0.3259	124	0.2648	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8973-2.953	0.3316	141	0.2565	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.953-3.0133	0.3626	150	0.249	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0133-3.0788	0.2784	131	0.234	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0788-3.1504	0.3114	135	0.2169	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1504-3.2292	0.2773	150	0.2177	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2292-3.3165	0.3164	128	0.2274	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3165-3.4141	0.292	150	0.2247	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4141-3.5243	0.2883	136	0.2127	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5243-3.6502	0.3029	148	0.2206	2766	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6502-3.7964	0.3529	121	0.2323	2205	X-RAY DIFFRACTION	81
3.7964-3.9691	0.2253	135	0.1736	2795	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9691-4.1784	0.2121	151	0.1559	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1784-4.4401	0.202	143	0.1439	2752	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4401-4.7829	0.1829	142	0.1322	2796	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7829-5.264	0.2008	143	0.1354	2775	X-RAY DIFFRACTION	99
5.264-6.0253	0.2129	156	0.1671	2769	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0253-7.5895	0.1977	150	0.1688	2830	X-RAY DIFFRACTION	99
7.5895-66.7032	0.1864	139	0.1541	2881	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4576	-0.1005	-0.0901	1.1237	-0.937	3.2711	0.1153	-0.0291	0.2065	-0.0885	0.1009	0.1278	-0.3135	-0.5225	-0.2455	0.3511	0.021	-0.0453	0.4059	-0.0627	0.3501	-60.8604	-1.0113	28.6266
2	3.1335	0.0978	0.2052	1.7894	-0.7815	2.1124	0.228	-0.7692	-0.5756	0.2543	-0.1191	-0.0878	0.4645	-0.2531	-0.0375	0.5219	-0.1515	-0.0948	0.7078	0.1069	0.3639	-52.4389	-26.1299	69.4261
3	1.9439	0.2622	-0.2869	0.6932	-0.4723	2.2772	0.0688	-0.4941	-0.0807	0.1801	-0.1651	-0.3093	-0.0333	0.5485	0.0389	0.3598	-0.1164	-0.1535	0.508	0.0336	0.4376	-34.2537	-16.7764	56.7756
4	2.4725	-0.8864	0.3345	1.3379	-0.3045	2.7556	0.0499	0.0006	-0.8803	-0.1543	-0.1659	-0.1391	0.9943	0.6202	0.1451	0.5904	0.1313	-0.0747	0.7455	0.1226	0.9375	-18.5748	-32.6636	44.5493
5	2.6851	-1.29	-0.525	0.6983	-0.0772	1.5439	-0.0188	-0.3965	-0.1656	0.2221	-0.1371	-0.237	-0.1193	0.5772	0.0829	0.4126	-0.1592	-0.1435	0.5937	0.1092	0.5948	-26.7685	-14.3749	50.216
6	1.6503	0.0102	0.5589	1.0607	0.3631	3.079	0.0144	-0.1686	0.1577	-0.012	0.0015	-0.3417	-0.5442	0.081	-0.0678	0.4442	-0.0829	0.0065	0.1974	0.0181	0.3926	-48.5677	1.0849	37.0001
7	2.2579	-0.8191	0.4724	1.7992	-0.9647	2.6653	0.0029	0.1623	-0.4112	0.0538	-0.075	-0.3355	0.1676	0.3033	0.0625	0.3351	-0.0046	-0.0007	0.2575	-0.0236	0.4786	-35.7718	-21.6168	23.6411
8	1.7184	-0.1155	-0.1072	2.1572	-0.4109	2.2633	0.0269	0.0547	-0.201	-0.235	-0.1224	-0.3167	0.1195	0.1681	0.0164	0.4081	-0.0461	-0	0.2055	0.0133	0.3285	-40.3002	-17.9887	22.6829
9	2.0903	-0.3868	0.0845	1.7701	-0.649	2.1238	0.1861	0.2385	0.2614	-0.116	-0.1783	-0.4699	-0.4312	0.5014	0.0607	0.4871	-0.106	0.0243	0.3249	0.0531	0.421	-34.0402	-2.7835	17.8089
10	2.2757	-0.2695	-0.5887	0.7619	0.0317	2.9084	0.1364	0.2378	0.1939	-0.4616	-0.0649	-0.1011	-0.2454	-0.2661	-0.081	0.5165	-0.0138	-0.0007	0.3032	0.0539	0.3361	-51.4947	-0.1761	11.7821
11	0.7186	0.01	0.5356	0.264	0.3928	2.8138	0.1107	0.1494	-0.1651	-0.1133	0.0821	-0.0737	0.3731	0.9061	-0.2266	0.3495	0.0039	0.0153	0.5092	-0.0191	0.3697	-87.7297	-36.422	29.9231
12	2.9333	0.5723	0.4591	0.7869	0.6356	1.8959	0.0529	-0.827	0.518	-0.0023	-0.0123	0.1755	-0.5945	0.2335	-0.0636	0.4939	-0.1105	0.0812	0.8281	-0.1787	0.4039	-94.1625	-11.5118	70.6596
13	1.7668	-0.1103	-0.2695	1.4388	-0.0364	2.4593	0.1014	-0.4764	0.2519	-0.0094	0.0187	0.0539	-0.3375	0.3168	-0.0909	0.3165	-0.0851	0.0816	0.4199	-0.0348	0.2825	-95.8076	-19.3092	55.8062
14	1.8614	-1.0632	-0.4574	1.3903	0.2109	1.7491	0.0242	-0.5759	-0.2087	-0.1158	0.0613	0.3248	-0.1081	-0.4893	-0.0811	0.3053	-0.057	0.0883	0.5811	0.1066	0.3329	-123.5911	-25.6898	62.874
15	2.5651	-0.2879	-0.6973	1.7079	0.6665	3.0556	0.0343	-0.1876	0.1057	-0.1784	-0.0441	0.1811	-0.8197	-0.6961	-0.1532	0.4843	0.2171	0.0108	0.666	0.06	0.3752	-132.9286	-11.836	54.29
16	2.1099	-0.9898	-0.4625	0.3749	0.3006	1.2113	0.1196	-0.2174	-0.3465	-0.1329	-0.0821	0.1904	-0.132	-0.3963	-0.0361	0.3007	-0.0056	0.0516	0.4809	0.095	0.4007	-120.1662	-27.8968	53.3892
17	1.5002	-0.3952	-0.5489	0.8168	0.1492	3.7873	0.0026	-0.0695	-0.2774	-0.147	0.0839	0.1092	0.655	0.1143	-0.1218	0.4023	-0.0532	-0.0062	0.1939	0.0125	0.3975	-100.4183	-39.1769	38.8271
18	2.4514	-0.9881	0.5491	1.8891	-0.01	2.0247	-0.1315	0.0955	0.3486	0.0578	0.1289	0.1284	-0.5999	-0.14	0.0276	0.5768	0.0123	0.0507	0.2498	0.0372	0.3557	-109.832	-13.5947	28.0199
19	1.5148	-0.3162	-0.0425	1.8741	0.4407	2.1119	0.0325	0.3022	0.0413	-0.0632	-0.054	0.3704	-0.0544	-0.3849	-0.0429	0.5088	-0.0383	-0.0175	0.2539	0.0257	0.3488	-113.9928	-28.0986	21.8565
20	2.4448	-0.714	-0.2512	1.3359	0.4699	2.4827	0.1706	0.3378	-0.2362	-0.3412	-0.0917	0.138	0.334	-0.0058	-0.0513	0.5389	-0.0231	-0.004	0.2417	-0.0052	0.283	-107.047	-37.0314	16.5282
21	9.3524	-1.5238	-3.4074	0.4223	0.4994	1.237	0.0017	0.5437	0.0618	-0.2556	-0.0432	-0.1355	-0.07	-0.2166	-0.0329	0.4759	-0.0468	-0.1211	0.6241	0.0422	0.6967	-36.1937	-16.285	37.7758
22	7.6954	-0.2565	1.7072	0.7988	0.1092	0.5789	-0.331	1.0515	0.0819	-0.3095	0.1621	-0.0272	-0.1195	0.185	0.0407	0.5827	-0.0046	0.1169	0.4827	0.0358	0.3929	-113.0901	-22.0642	40.4331

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 52 through 123 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 124 through 196 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 197 through 418 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 419 through 482 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 483 through 584 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 585 through 649 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 650 through 692 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 693 through 815 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 816 through 864 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 865 through 929 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 54 through 123 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 124 through 196 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 197 through 300 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 301 through 376 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 377 through 508 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 509 through 584 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 585 through 649 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 650 through 743 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 744 through 815 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 816 through 929 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 2 through 11 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 2 through 11 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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