+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lx7 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cys-Gly dipeptidase GliJ mutant D38N | |||||||||
要素 | Dipeptidase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / carboxypeptidase / dipeptidase / gliotoxin biosynthesis | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host immune response / gliotoxin biosynthetic process / membrane dipeptidase / mycotoxin biosynthetic process / metallodipeptidase activity / タンパク質分解 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Neosartorya fumigata (アスペルギルス・フミガーツス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Huber, E.M. / Groll, M. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017 タイトル: Gliotoxin Biosynthesis: Structure, Mechanism, and Metal Promiscuity of Carboxypeptidase GliJ. 著者: Marion, A. / Groll, M. / Scharf, D.H. / Scherlach, K. / Glaser, M. / Sievers, H. / Schuster, M. / Hertweck, C. / Brakhage, A.A. / Antes, I. / Huber, E.M. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lx7.cif.gz | 179.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5lx7.ent.gz | 140.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lx7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/5lx7 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 5lwzC 5lx0SC 5lx1C 5lx4C 5nrtC 5nruC 5nrxC 5nryC 5nrzC 5ns1C 5ns2C 5ns5C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45007.078 Da / 分子数: 1 / 変異: D38N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (アスペルギルス・フミガーツス) 遺伝子: AFUA_6G09650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WMJ8, membrane dipeptidase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-FE / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-TRS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.11 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 5% isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→45 Å / Num. obs: 45387 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5LX0 解像度: 1.95→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 6.653 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.568 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.95→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|