[日本語] English
万見
- PDB-5kqs: Structure of NS5 methyltransferase from Zika virus bound to S-ade... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kqs
タイトルStructure of NS5 methyltransferase from Zika virus bound to S-adenosylmethionine and 7-methyl-guanosine-5'-diphosphate
要素Methyltransferaseメチルトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Zika (ジカ熱) / Flavivirus / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / NS5
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / カプシド / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / カプシド / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / molecular adaptor activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / 中心体 / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Vaccinia Virus protein VP39 / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / リン酸塩 / S-アデノシルメチオニン / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Coloma, J. / Jain, R. / Rajashankar, K.R. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Structures of NS5 Methyltransferase from Zika Virus.
著者: Coloma, J. / Jain, R. / Rajashankar, K.R. / Garcia-Sastre, A. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2016年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22022年8月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / entity
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9199
ポリマ－29,5391
非ポリマー1,3808
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.340, 77.480, 37.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methyltransferase / メチルトランスフェラーゼ


分子量: 29538.742 Da / 分子数: 1 / 断片: MRNA cap 0-1 NS5-type MT residues 2521-2786 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス)
株: Mr 766 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H9A910, UniProt: A0A024B7W1*PLUS

-
非ポリマー , 6種, 252分子

#2: 化合物 ChemComp-M7G / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / m7GDP


分子量: 459.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O11P2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 6-9 % PEG 8K, 0.07 M Sodium acetate, pH 5.0, 30% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→65.9 Å / Num. obs: 56456 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.29 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 184856 / Scaling rejects: 47
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0 / % possible all: 99.9

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.5-1.533.30.813917727620.6090.5120.9651.3
8.22-65.93.80.04714003710.9960.0260.05416.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.12データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PX2

2px2


解像度: 1.5→38.74 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1788 2847 5.08 %
Rwork0.1585 53204 -
obs0.1595 56051 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.76 Å2 / Biso mean: 30.1534 Å2 / Biso min: 13.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→38.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1985 0 118 244 2347
Biso mean--37.68 44.1 -
残基数----260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052178
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8612956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.824800
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.52590.30681320.28492582271497
1.5259-1.55360.25331340.25272657279198
1.5536-1.58350.21121390.21662625276499
1.5835-1.61580.24891470.20532653280098
1.6158-1.65090.2291610.19422622278399
1.6509-1.68940.23121430.18622629277299
1.6894-1.73160.20141470.17162636278399
1.7316-1.77840.18741610.16772659282099
1.7784-1.83070.21471370.16132655279299
1.8307-1.88980.19431160.15962656277299
1.8898-1.95740.17831460.15992679282599
1.9574-2.03570.18271370.15252662279999
2.0357-2.12840.17731460.15732642278899
2.1284-2.24060.16851550.149126472802100
2.2406-2.3810.16571350.15252693282899
2.381-2.56480.17511420.157226772819100
2.5648-2.82280.18961220.164827262848100
2.8228-3.23110.17241380.162686282499
3.2311-4.07010.16091440.13627092853100
4.0701-38.75310.1651650.15092709287499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5746-0.4513-0.6050.918-0.30433.01280.18250.04720.67360.1309-0.1194-0.5061-0.12450.22820.00760.1646-0.0349-0.02110.17520.02070.415454.771214.95033.1016
23.30711.14540.11591.5867-0.07271.5118-0.11480.3856-0.49630.03820.1082-0.51480.30810.2209-0.14590.28660.0189-0.01870.2668-0.02940.329748.3248-8.98835.7856
34.6674-0.19070.33721.8374-1.16676.02190.01090.0011-0.15470.01240.067-0.02780.2347-0.09220.12440.1695-0.02290.0110.0904-0.02280.116735.2479-11.94474.3409
41.60680.4688-0.17480.8244-1.14052.9827-0.04540.2671-0.1691-0.19550.0542-0.1662-0.0460.036-0.03540.2151-0.02760.02550.1632-0.0320.153237.7635-13.0413-5.0287
51.4063-0.00830.13142.5385-0.4941.45270.01240.01750.14890.04960.00250.1743-0.0067-0.10940.01320.1630.01050.02080.15230.00940.144432.53054.0343.171
65.82682.4294-2.6351.7399-1.55064.77580.2094-0.16840.67030.83780.03680.3437-0.598-0.1526-0.1430.30390.05760.06430.2159-0.05330.260731.182112.293513.6992
75.03580.982-0.31871.3828-0.06070.8340.0276-0.42010.24140.3176-0.0605-0.18260.00190.11120.06380.2211-0.0045-0.03360.1834-0.02470.191645.78047.295112.7364
81.77821.73010.41312.04180.2930.26980.1001-0.1506-0.4670.3395-0.1172-0.93760.06550.07830.01280.2833-0.012-0.11070.2892-0.01380.575952.7467-8.60587.3995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 29 )A5 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 74 )A30 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 75 through 103 )A75 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 104 through 127 )A104 - 127
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 128 through 188 )A128 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 189 through 202 )A189 - 202
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 203 through 244 )A203 - 244
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 245 through 266 )A245 - 266

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る