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- PDB-5j85: Ser480Ala mutant of L-arabinonate dehydratase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j85
タイトルSer480Ala mutant of L-arabinonate dehydratase
要素Dihydroxyacid dehydratase/phosphogluconate dehydratase
キーワードLYASE (リアーゼ) / L-arabinonate dehydratase / L-arabonate dehydratase / pentonate dehydratase / 2Fe2S cluster
機能・相同性Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase / IlvD/EDD, N-terminal domain / Dihydroxy-acid dehydratase, C-terminal / Dehydratase family / hydro-lyase activity / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Dihydroxyacid dehydratase/phosphogluconate dehydratase
機能・相同性情報
生物種Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rahman, M.M. / Rouvinen, J. / Hakulinen, N.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Finnish Academy256937 フィンランド
Finnish Academy263931 フィンランド
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: The Crystal Structure of a Bacterial l-Arabinonate Dehydratase Contains a [2Fe-2S] Cluster.
著者: Rahman, M.M. / Andberg, M. / Thangaraj, S.K. / Parkkinen, T. / Penttila, M. / Janis, J. / Koivula, A. / Rouvinen, J. / Hakulinen, N.
履歴
登録2016年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroxyacid dehydratase/phosphogluconate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0433
ポリマ－63,8431
非ポリマー2002
水3,297183
1
A: Dihydroxyacid dehydratase/phosphogluconate dehydratase
ヘテロ分子

A: Dihydroxyacid dehydratase/phosphogluconate dehydratase
ヘテロ分子

A: Dihydroxyacid dehydratase/phosphogluconate dehydratase
ヘテロ分子

A: Dihydroxyacid dehydratase/phosphogluconate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,17212
ポリマ－255,3724
非ポリマー8018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation28_544x,-y-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation43_544-x,-z-1/2,-y-1/21
Buried area23890 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area66650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)318.440, 318.440, 318.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-878-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dihydroxyacid dehydratase/phosphogluconate dehydratase


分子量: 63842.938 Da / 分子数: 1 / 変異: S480A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gram-negative bacteria
由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌)
遺伝子: Rleg9DRAFT_6269 / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: I9XDU6
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 変異: S480A / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Fe2S2 / 詳細: Gram-negative bacteria
由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌)
遺伝子: 6981653 / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: L-arabinonate dehydratase
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 変異: S480A / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg / 詳細: Gram-negative bacteria
由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌)
遺伝子: 6981653 / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: L-arabinonate dehydratase
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 77 % / 解説: cubic
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M BTP pH 9.0, 5 mM magnesium chloride, 17% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 42880 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 74 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GP4

2gp4


解像度: 2.6→38.904 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2027 2143 5 %
Rwork0.1793 --
obs0.1805 42876 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.904 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4357 0 5 183 4545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9126057
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.3353716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051671
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005795
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.66050.41131390.41332640X-RAY DIFFRACTION99
2.6605-2.7270.36731390.30242659X-RAY DIFFRACTION100
2.727-2.80070.31011410.27292668X-RAY DIFFRACTION100
2.8007-2.88310.32591410.24832673X-RAY DIFFRACTION100
2.8831-2.97620.27721400.24542670X-RAY DIFFRACTION100
2.9762-3.08250.27941410.22932673X-RAY DIFFRACTION100
3.0825-3.20590.29521410.22492690X-RAY DIFFRACTION100
3.2059-3.35170.26651420.21742698X-RAY DIFFRACTION100
3.3517-3.52830.24231420.19912685X-RAY DIFFRACTION100
3.5283-3.74920.20641420.18522708X-RAY DIFFRACTION100
3.7492-4.03840.19611430.15632712X-RAY DIFFRACTION100
4.0384-4.44430.1551440.14452738X-RAY DIFFRACTION100
4.4443-5.08610.14241450.13472752X-RAY DIFFRACTION100
5.0861-6.40340.18411470.16952804X-RAY DIFFRACTION100
6.4034-38.9080.16761560.16332963X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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