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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5iz6 | ||||||
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タイトル | Protein-protein interaction | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING/INHIBITOR / APC / ASEF / Colon CANCER (大腸癌) / Drug discovery (創薬) / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 APC truncation mutants are not K63 polyubiquitinated / regulation of microtubule-based movement / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / gamma-catenin binding / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of protein localization to centrosome / pattern specification process / bicellular tight junction assembly / negative regulation of microtubule depolymerization ...APC truncation mutants are not K63 polyubiquitinated / regulation of microtubule-based movement / negative regulation of cell cycle G1/S phase transition / gamma-catenin binding / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of protein localization to centrosome / pattern specification process / bicellular tight junction assembly / negative regulation of microtubule depolymerization / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / protein kinase regulator activity / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / beta-catenin destruction complex / microtubule plus-end binding / regulation of microtubule-based process / heart valve development / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / catenin complex / Wnt signalosome / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / cell fate specification / endocardial cushion morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / dynein complex binding / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Apoptotic cleavage of cellular proteins / regulation of cell differentiation / mitotic cytokinesis / lateral plasma membrane / bicellular tight junction / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / 接着結合 / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / 動原体 / beta-catenin binding / ruffle membrane / Wntシグナル経路 / positive regulation of protein catabolic process / 遊走 / Ovarian tumor domain proteases / insulin receptor signaling pathway / lamellipodium / nervous system development / positive regulation of cold-induced thermogenesis / microtubule binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / 微小管 / 細胞接着 / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / 中心体 / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, Y. / Jiang, H. / Yang, X. / Jiang, F. / Song, K. / Zhang, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017 タイトル: Peptidomimetic inhibitors of APC-Asef interaction block colorectal cancer migration. 著者: Jiang, H. / Deng, R. / Yang, X. / Shang, J. / Lu, S. / Zhao, Y. / Song, K. / Liu, X. / Zhang, Q. / Chen, Y. / Chinn, Y.E. / Wu, G. / Li, J. / Chen, G. / Yu, J. / Zhang, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5iz6.cif.gz | 86.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5iz6.ent.gz | 63.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5iz6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/5iz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/5iz6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39268.246 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 407-751 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APC, DP2.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25054 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 902.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.08 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M Ammonium sulfate 0.1M Tris pH 8.0, 25% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→52.57 Å / Num. obs: 18356 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 11.17 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3NMW 解像度: 2.15→52.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.521 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.992 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.15→52.57 Å
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拘束条件 |
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