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万見
- PDB-5hy6: Spodoptera frugiperda eukaryotic translation initiation factor EIF5A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hy6
タイトルSpodoptera frugiperda eukaryotic translation initiation factor EIF5A
要素Eukaryotic translation initiation factor 5A
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / ribosome binding translation elongation factor activity
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / translation elongation factor activity / ribosome binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / SH3 type barrels. - #30 / Nucleic acid-binding proteins / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / SH3 type barrels. - #30 / Nucleic acid-binding proteins / SH3 type barrels. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Roll / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 5A
類似検索 - 構成要素
生物種Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.186 Å
データ登録者Li, A.W.H. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Spodoptera frugiperda eukaryotic translation initiation factor EIF5A
著者: Li, A.W.H. / Oliver, A.W. / Pearl, L.H.
履歴
登録2016年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 5A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5501
ポリマ－17,5501
非ポリマー00
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.780, 56.780, 87.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5A / eIF-5A


分子量: 17549.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62925
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: Ammonium chloride, MES, PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.186→27.002 Å / Num. obs: 8318 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimless1.10.13データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CPF

3cpf


解像度: 2.186→27.002 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 411 4.96 %
Rwork0.2052 --
obs0.2077 8285 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.186→27.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1078 0 0 58 1136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.051471
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.676673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005191
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1863-2.50250.30021410.2562600X-RAY DIFFRACTION100
2.5025-3.15210.30821370.24262622X-RAY DIFFRACTION100
3.1521-27.00380.22371330.17592652X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.65970.49140.70321.96061.66722.44770.1533-1.49350.97650.4866-0.45580.0822-0.0074-0.71770.02990.2761-0.05440.10370.574-0.39750.4762-19.424621.404432.0591
21.6587-0.85660.02955.3411-3.07251.8947-0.36730.5122-0.8588-0.4470.0897-0.05781.01760.55440.28371.414-0.02450.34291.9179-0.1710.9381-24.25734.131647.9852
31.62180.4323-0.29314.70922.3862.9820.0656-1.45351.67740.5642-0.79971.0482-0.1269-0.94760.16820.4061-0.05190.09210.8036-0.41610.6184-23.721922.583631.7625
45.41120.5111.15975.06780.84471.4671-0.04530.2030.1168-0.4720.1484-0.26360.00410.16330.07830.23680.02540.00930.14420.00730.2241-16.10516.488610.2996
54.64810.26220.48017.08231.27295.4203-0.05630.48880.2102-0.3339-0.19840.7440.0295-0.16820.2060.2163-0.01520.00780.1878-0.00880.2362-22.52833.8348.7693
63.82350.78760.59294.40651.15065.217-0.12870.54460.2321-1.17470.04050.3856-0.05730.24840.17850.473-0.0335-0.01660.20290.01650.2785-19.165212.65835.7151
70.255-0.13910.071.85051.89622.3322-0.0990.0273-0.2829-0.6016-0.1249-0.2547-0.05270.4130.16470.3180.01240.03150.2865-0.00690.3346-16.331312.086510.2868
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 46 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 57 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 58 through 86 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 87 through 96 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 97 through 119 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 120 through 145 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 146 through 156 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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