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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5e8h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of geranylfarnesyl pyrophosphate synthases 2 from Arabidopsis thaliana | ||||||
要素 | Geranylgeranyl pyrophosphate synthase 3, chloroplastic | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GFPPS / prenyltransferase (プレニル基転移酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / carotenoid biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / farnesyltranstransferase activity / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranyl diphosphate biosynthetic process / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / prenyltransferase activity / farnesyl diphosphate biosynthetic process ...geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / carotenoid biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase / farnesyltranstransferase activity / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / geranyl diphosphate biosynthetic process / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / prenyltransferase activity / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / 葉緑体 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, C. / Chen, Q. / Wang, G. / Zhang, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol Plant / 年: 2016 タイトル: Structural Analyses of Short-Chain Prenyltransferases Identify an Evolutionarily Conserved GFPPS Clade in Brassicaceae Plants. 著者: Wang, C. / Chen, Q. / Fan, D. / Li, J. / Wang, G. / Zhang, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5e8h.cif.gz | 217.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5e8h.ent.gz | 180.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5e8h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/5e8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/5e8h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35828.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: GGPP3, At3g14550, MIE1.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9LUD9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ, geranylgeranyl diphosphate ...参照: UniProt: Q9LUD9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -, ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ, geranylgeranyl diphosphate synthase, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.14 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 2% PEG 400, pH7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 28044 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 28.3 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.3→36.52 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→36.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 22.9888 Å / Origin y: 88.6908 Å / Origin z: 129.2486 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |