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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5du0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of rsFolder in the non-fluorescent off-state | ||||||
要素 | Green fluorescent protein緑色蛍光タンパク質 | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / GFP / reversibly switchable / trans chromophore | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | El Khatib, M. / Colletier, J.P. / Adam, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: Rational design of ultrastable and reversibly photoswitchable fluorescent proteins for super-resolution imaging of the bacterial periplasm. 著者: El Khatib, M. / Martins, A. / Bourgeois, D. / Colletier, J.P. / Adam, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5du0.cif.gz | 195.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5du0.ent.gz | 156.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5du0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/5du0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/5du0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29678.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.992 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.992 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→95.77 Å / Num. obs: 37525 / % possible obs: 98.07 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 88.56 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2B3P 解像度: 2.35→95.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 10.091 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.574 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.456 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→95.77 Å
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拘束条件 |
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