PDB-5dqt: Crystal Structure of Cas-DNA-22 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dqt

タイトル

Crystal Structure of Cas-DNA-22 complex

要素

CRISPR-associated endonuclease Cas1
CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
DNA (33-MER)
DNA (34-MER)

キーワード

HYDROLASE/DNA /

protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / HYDROLASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

CRISPR / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements /

endonuclease activity / defense response to virus /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 /

DNA修復 / DNA damage response / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K12 (大腸菌)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Wang, J. / Li, J. / Zhao, H. / Sheng, G. / Wang, M. / Yin, M. / Wang, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Structural and Mechanistic Basis of PAM-Dependent Spacer Acquisition in CRISPR-Cas Systems.
著者: Wang, J. / Li, J. / Zhao, H. / Sheng, G. / Wang, M. / Yin, M. / Wang, Y.

履歴

登録	2015年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dqt.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dqt.ent.gz	944.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/5dqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似性 (1)
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類似性 (1)

登録構造単位

D: CRISPR-associated endonuclease Cas1

C: CRISPR-associated endonuclease Cas1

A: CRISPR-associated endonuclease Cas1

B: CRISPR-associated endonuclease Cas1

F: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

E: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

L: CRISPR-associated endonuclease Cas1

K: CRISPR-associated endonuclease Cas1

I: CRISPR-associated endonuclease Cas1

J: CRISPR-associated endonuclease Cas1

N: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

M: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

G: DNA (34-MER)

H: DNA (33-MER)

O: DNA (34-MER)

P: DNA (33-MER)

349 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: CRISPR-associated endonuclease Cas1

C: CRISPR-associated endonuclease Cas1

A: CRISPR-associated endonuclease Cas1

B: CRISPR-associated endonuclease Cas1

F: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

E: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

G: DNA (34-MER)

H: DNA (33-MER)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
174 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

L: CRISPR-associated endonuclease Cas1

K: CRISPR-associated endonuclease Cas1

I: CRISPR-associated endonuclease Cas1

J: CRISPR-associated endonuclease Cas1

N: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

M: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

O: DNA (34-MER)

P: DNA (33-MER)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
174 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.434, 194.955, 195.202
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.220, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	CRISPR-associated endonuclease Cas1 分子量: 33235.418 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ygbT, cas1, b2755, JW2725 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q46896, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質	CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 分子量: 10527.212 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ygbF, cas2, b2754, JW5438 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P45956, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: DNA鎖	DNA (34-MER) 分子量: 10473.714 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA-22-F / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖	DNA (33-MER) 分子量: 10027.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA-22-R / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.28 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 5% PEG8000,50mM Mes,200mM Potassium chloride,10mM Magnesium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月30日 / 詳細: Mono-chromator and mirrors

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 91533 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 98.11 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.097 / Χ²: 1.34 / Net I/av σ(I): 14.088 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 274007

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.1-3.15	2.8	0.67	4756	0.355	0.451	0.813	0.659	96.7
3.15-3.21	2.8	0.61	4692	0.459	0.41	0.74	0.677	96.9
3.21-3.27	2.8	0.592	4753	0.522	0.394	0.715	0.776	96.2
3.27-3.34	2.8	0.5	4622	0.638	0.338	0.607	0.703	95.8
3.34-3.41	2.8	0.432	4745	0.725	0.29	0.523	0.734	95.7
3.41-3.49	2.7	0.376	4442	0.83	0.253	0.456	0.8	92.1
3.49-3.58	2.4	0.357	3963	0.847	0.25	0.439	0.807	80.7
3.58-3.68	2.7	0.248	3903	0.88	0.16	0.297	1.146	80.2
3.68-3.78	3.1	0.166	4199	0.923	0.102	0.196	0.975	84.9
3.78-3.91	2.8	0.218	4334	0.923	0.14	0.26	0.97	89.4
3.91-4.04	2.6	0.168	4227	0.958	0.111	0.202	1.85	85.8
4.04-4.21	3	0.131	4553	0.976	0.082	0.156	0.981	93
4.21-4.4	3.1	0.109	4671	0.984	0.068	0.129	1.043	95.6
4.4-4.63	3.2	0.088	4686	0.99	0.054	0.104	1.065	95.8
4.63-4.92	3.2	0.081	4731	0.991	0.05	0.096	1.303	96.7
4.92-5.3	3.3	0.083	4816	0.989	0.05	0.097	1.378	97.3
5.3-5.83	3.4	0.076	4821	0.992	0.046	0.089	1.652	98.2
5.83-6.67	3.4	0.071	4857	0.992	0.043	0.083	2.037	98.7
6.67-8.4	3.4	0.053	4904	0.995	0.032	0.062	2.426	99.2
8.4-50	3.4	0.044	4858	0.995	0.026	0.051	3.228	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定
HKL-2000		data processing
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→48.8 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2583	4510	5.01 %
R_work	0.2106	85475	-
obs	0.213	89985	93.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 227.52 Å² / B_iso mean: 110.3012 Å² / B_iso min: 42.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.1→48.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19288	2668	0	0	21956
残基数	-	-	-	-	2673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	22632
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.291	31292
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	3646
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3561
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.358	8469

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	9852	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
1	2	B	9852	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
1	3	C	9852	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
1	4	D	9852	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
1	5	I	9852	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
1	6	J	9852	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
1	7	K	9852	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
1	8	L	9852	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
2	1	E	1693	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
2	2	F	1693	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
2	3	M	1693	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
2	4	N	1693	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
3	1	G	654	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
3	2	O	654	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
4	1	H	630	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL
4	2	P	630	X-RAY DIFFRACTION	11.347	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.1-3.1352	0.3852	142	0.3333	2908	3050	97
3.1352-3.1721	0.3565	149	0.3326	2896	3045	97
3.1721-3.2108	0.3488	157	0.3084	2975	3132	97
3.2108-3.2514	0.366	156	0.3053	3019	3175	96
3.2514-3.2942	0.365	134	0.2979	2872	3006	96
3.2942-3.3393	0.3393	147	0.2854	2894	3041	96
3.3393-3.387	0.3469	152	0.2913	2940	3092	95
3.387-3.4375	0.3633	176	0.3093	2830	3006	94
3.4375-3.4912	0.4019	174	0.3748	2732	2906	90
3.4912-3.5485	0.4834	137	0.4221	2495	2632	81
3.5485-3.6096	0.4937	102	0.4672	2032	2134	66
3.6096-3.6752	0.4847	150	0.435	2919	3069	96
3.6752-3.7459	0.4821	145	0.4028	2689	2834	88
3.7459-3.8223	0.3207	129	0.3361	2303	2432	76
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精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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83	3.0474	3.8921	3.9796	4.8896	5.1316	5.1577	0.7537	-0.5169	-0.5529	0.7944	-0.175	-0.9421	0.4594	-0.7472	-0.6403	1.3287	-0.0176	-0.1073	0.9559	0.0473	0.962	81.8277	37.3493	211.8191
84	9.0719	4.6866	2.8333	3.155	1.1867	0.9271	-0.9612	5.2445	-1.2375	-2.7193	0.7635	1.183	5.5014	-1.5661	-0.3947	2.0711	-0.1276	-0.0322	1.5302	-0.0741	1.3415	110.5148	68.1076	214.1369

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 15 through 78 )	D
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 79 through 213 )	D
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 214 through 281 )	D
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 2 through 78 )	C
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 79 through 108 )	C
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 109 through 155 )	C
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 156 through 227 )	C
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 228 through 279 )	C
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 15 through 36 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 37 through 54 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 55 through 78 )	A
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 79 through 108 )	A
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 109 through 133 )	A
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 134 through 174 )	A
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 175 through 213 )	A
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 214 through 242 )	A
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 243 through 259 )	A
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 260 through 281 )	A
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 2 through 78 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 79 through 108 )	B
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 109 through 155 )	B
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 156 through 174 )	B
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 175 through 227 )	B
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 228 through 281 )	B
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 1 through 12 )	F
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 13 through 22 )	F
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 23 through 36 )	F
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 37 through 50 )	F
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 51 through 61 )	F
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 62 through 73 )	F
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 74 through 83 )	F
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 84 through 93 )	F
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 1 through 12 )	E
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 13 through 36 )	E
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 37 through 50 )	E
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 51 through 67 )	E
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 68 through 73 )	E
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 74 through 83 )	E
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 84 through 93 )	E
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'L' and (resid 15 through 88 )	L
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'L' and (resid 89 through 108 )	L
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'L' and (resid 109 through 226 )	L
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'L' and (resid 227 through 281 )	L
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'K' and (resid 2 through 78 )	K
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'K' and (resid 79 through 108 )	K
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'K' and (resid 109 through 133 )	K
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'K' and (resid 134 through 155 )	K
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'K' and (resid 156 through 174 )	K
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'K' and (resid 175 through 213 )	K
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'K' and (resid 214 through 244 )	K
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'K' and (resid 245 through 279 )	K
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'I' and (resid 15 through 78 )	I
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'I' and (resid 79 through 153 )	I
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'I' and (resid 154 through 174 )	I
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'I' and (resid 175 through 281 )	I
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'J' and (resid 2 through 78 )	J
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'J' and (resid 79 through 108 )	J
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'J' and (resid 109 through 198 )	J
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'J' and (resid 199 through 281 )	J
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'N' and (resid 1 through 12 )	N
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'N' and (resid 13 through 22 )	N
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'N' and (resid 23 through 36 )	N
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'N' and (resid 37 through 50 )	N
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'N' and (resid 51 through 67 )	N
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'N' and (resid 68 through 85 )	N
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'N' and (resid 86 through 92 )	N
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'M' and (resid 1 through 12 )	M
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'M' and (resid 13 through 36 )	M
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'M' and (resid 37 through 67 )	M
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'M' and (resid 68 through 85 )	M
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'M' and (resid 86 through 92 )	M
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'G' and (resid 2 through 6 )	G
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'G' and (resid 7 through 16 )	G
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'G' and (resid 17 through 31 )	G
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'G' and (resid 32 through 34 )	G
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'H' and (resid 1 through 5 )	H
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'H' and (resid 6 through 25 )	H
78	X-RAY DIFFRACTION	78	chain 'H' and (resid 26 through 33 )	H
79	X-RAY DIFFRACTION	79	chain 'O' and (resid 2 through 6 )	O
80	X-RAY DIFFRACTION	80	chain 'O' and (resid 7 through 26 )	O
81	X-RAY DIFFRACTION	81	chain 'O' and (resid 27 through 34 )	O
82	X-RAY DIFFRACTION	82	chain 'P' and (resid 1 through 5 )	P
83	X-RAY DIFFRACTION	83	chain 'P' and (resid 6 through 30 )	P
84	X-RAY DIFFRACTION	84	chain 'P' and (resid 31 through 33 )	P

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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