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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5afr | ||||||
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タイトル | N-terminal fragment of dynein heavy chain | ||||||
要素 | DYNEIN HEAVY CHAIN, CYTOPLASMIC | ||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / DYNEIN (ダイニン) / TAIL (尾) / HEAVY CHAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 karyogamy / establishment of mitotic spindle localization / astral microtubule / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / spindle pole body / nuclear migration / dynein intermediate chain binding ...karyogamy / establishment of mitotic spindle localization / astral microtubule / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / spindle pole body / nuclear migration / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / establishment of mitotic spindle orientation / cytoplasmic microtubule / cytoplasmic microtubule organization / Neutrophil degranulation / mitotic spindle organization / 細胞皮質 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 5 Å | ||||||
データ登録者 | Urnavicius, L. / Zhang, K. / Diamant, A.G. / Motz, C. / Schlager, M.A. / Yu, M. / Patel, N.A. / Robinson, C.V. / Carter, A.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2015 タイトル: The structure of the dynactin complex and its interaction with dynein. 著者: Linas Urnavicius / Kai Zhang / Aristides G Diamant / Carina Motz / Max A Schlager / Minmin Yu / Nisha A Patel / Carol V Robinson / Andrew P Carter / 要旨: Dynactin is an essential cofactor for the microtubule motor cytoplasmic dynein-1. We report the structure of the 23-subunit dynactin complex by cryo-electron microscopy to 4.0 angstroms. Our ...Dynactin is an essential cofactor for the microtubule motor cytoplasmic dynein-1. We report the structure of the 23-subunit dynactin complex by cryo-electron microscopy to 4.0 angstroms. Our reconstruction reveals how dynactin is built around a filament containing eight copies of the actin-related protein Arp1 and one of β-actin. The filament is capped at each end by distinct protein complexes, and its length is defined by elongated peptides that emerge from the α-helical shoulder domain. A further 8.2 angstrom structure of the complex between dynein, dynactin, and the motility-inducing cargo adaptor Bicaudal-D2 shows how the translational symmetry of the dynein tail matches that of the dynactin filament. The Bicaudal-D2 coiled coil runs between dynein and dynactin to stabilize the mutually dependent interactions between all three components. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5afr.cif.gz | 115.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5afr.ent.gz | 82.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5afr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/5afr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/5afr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.597, -0.091, 0.797), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64379.160 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL FRAGMENT OF TAIL DOMAIN, RESIDUES 1-557 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: POLYALANINE MODEL WITH SELENOMETHIONINES 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P36022 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.26 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / タイプ: DIAMOND / 波長: 0.9763 |
検出器 | 日付: 2014年5月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 5→52.6 Å / Num. obs: 8866 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 10 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.8 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0103 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 5→114.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.805 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.832 / SU B: 156.924 / SU ML: 1.848 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.401 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 202.593 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 5→114.62 Å
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拘束条件 |
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