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- PDB-5a9j: Crystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a9j
タイトルCrystal structure of the Helicase domain of human DNA polymerase theta, apo-form
要素DNA POLYMERASE THETAPOLQ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / POLYMERASE (ポリメラーゼ) / HELICASE (ヘリカーゼ) / POLQ / DNA REPAIR (DNA修復)
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / replication fork processing / site of DNA damage / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / error-prone translesion synthesis ...single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / replication fork processing / site of DNA damage / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / error-prone translesion synthesis / DNA helicase activity / 塩基除去修復 / protein homooligomerization / 逆転写酵素 / RNA-directed DNA polymerase activity / double-strand break repair / site of double-strand break / ヘリカーゼ / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA修復 / DNA damage response / chromatin binding / ゴルジ体 / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase theta-like, helix-turn-helix domain / : / Helix-turn-helix domain / DNA_pol_Q helicase like region helical domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain ...DNA polymerase theta-like, helix-turn-helix domain / : / Helix-turn-helix domain / DNA_pol_Q helicase like region helical domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase theta
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Newman, J.A. / Cooper, C.D.O. / Aitkenhead, H. / Pinkas, D.M. / Kupinska, K. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure of the Helicase Domain of DNA Polymerase Theta Reveals a Possible Role in the Microhomology-Mediated End-Joining Pathway.
著者: Newman, J.A. / Cooper, C.D.O. / Aitkenhead, H. / Gileadi, O.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE THETA
B: DNA POLYMERASE THETA
C: DNA POLYMERASE THETA
D: DNA POLYMERASE THETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)400,0834
ポリマ－400,0834
非ポリマー00
水0
1
A: DNA POLYMERASE THETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0211
ポリマ－100,0211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA POLYMERASE THETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0211
ポリマ－100,0211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA POLYMERASE THETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0211
ポリマ－100,0211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA POLYMERASE THETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0211
ポリマ－100,0211
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.017, 130.531, 160.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
DNA POLYMERASE THETA / POLQ / DNA POLYMERASE ETA


分子量: 100020.812 Da / 分子数: 4 / 断片: HELICASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-894 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75417
配列の詳細FIRST TWO RESIDUES REMAIN AFTER CLEAVAGE OF PURIFICATION TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2M NACL, 20% PEG 6K, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.55→48.8 Å / Num. obs: 62574 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 129.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 3.55→3.64 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5AGA

5aga


解像度: 3.55→48.861 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 30.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 5989 4.9 %
Rwork0.2249 --
obs0.2269 62469 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 150 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.55→48.861 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24408 0 0 0 24408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00424843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98133646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8379056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393968
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054239
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5501-3.59040.40682130.3473866X-RAY DIFFRACTION100
3.5904-3.63260.48921830.37193877X-RAY DIFFRACTION99
3.6326-3.67690.49662080.43233653X-RAY DIFFRACTION94
3.6769-3.72340.43491680.38843867X-RAY DIFFRACTION97
3.7234-3.77240.35141950.31753880X-RAY DIFFRACTION99
3.7724-3.82410.36342020.31783887X-RAY DIFFRACTION99
3.8241-3.87870.34352070.32193901X-RAY DIFFRACTION100
3.8787-3.93650.32122130.30013863X-RAY DIFFRACTION99
3.9365-3.9980.31241820.28213983X-RAY DIFFRACTION100
3.998-4.06350.31312280.28053850X-RAY DIFFRACTION100
4.0635-4.13360.31121640.27173972X-RAY DIFFRACTION100
4.1336-4.20870.29051930.27053879X-RAY DIFFRACTION100
4.2087-4.28960.27522490.26293865X-RAY DIFFRACTION100
4.2896-4.37710.25071730.24983912X-RAY DIFFRACTION100
4.3771-4.47220.30432090.24593949X-RAY DIFFRACTION100
4.4722-4.57620.28921610.23483936X-RAY DIFFRACTION100
4.5762-4.69050.27072020.22773905X-RAY DIFFRACTION100
4.6905-4.81730.23841820.2263933X-RAY DIFFRACTION100
4.8173-4.95890.26421960.22243880X-RAY DIFFRACTION100
4.9589-5.11880.2871980.22033915X-RAY DIFFRACTION100
5.1188-5.30150.27842060.22443918X-RAY DIFFRACTION100
5.3015-5.51350.2852030.23653905X-RAY DIFFRACTION100
5.5135-5.76410.29462300.24483872X-RAY DIFFRACTION100
5.7641-6.06740.32282120.2333877X-RAY DIFFRACTION99
6.0674-6.44680.23512060.21983897X-RAY DIFFRACTION99
6.4468-6.94320.27572080.22023884X-RAY DIFFRACTION100
6.9432-7.63960.24862050.20163925X-RAY DIFFRACTION99
7.6396-8.73960.21011840.15713879X-RAY DIFFRACTION99
8.7396-10.99030.15182270.13213828X-RAY DIFFRACTION99
10.9903-48.86560.23261820.18883852X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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