+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4yr8 | |||||||||||||||
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Title | Crystal structure of JNK in complex with a regulator protein | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/HYDROLASE / kinase domain / catalytic domain / TRANSFERASE-HYDROLASE complex | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information : / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / positive regulation of cell killing / JUN phosphorylation / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / regulation of DNA replication origin binding / Interleukin-38 signaling / Activation of BMF and translocation to mitochondria / basal dendrite / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity ...: / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / positive regulation of cell killing / JUN phosphorylation / protein tyrosine/threonine phosphatase activity / regulation of DNA replication origin binding / Interleukin-38 signaling / Activation of BMF and translocation to mitochondria / basal dendrite / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / Suppression of autophagy / Activation of BIM and translocation to mitochondria / JUN kinase activity / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / Signaling by MAPK mutants / negative regulation of JUN kinase activity / RAF-independent MAPK1/3 activation / JUN kinase binding / positive regulation of cyclase activity / mitogen-activated protein kinase binding / histone deacetylase regulator activity / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / DSCAM interactions / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine kinase binding / mitogen-activated protein kinase p38 binding / NRAGE signals death through JNK / negative regulation of MAPK cascade / protein-serine/threonine phosphatase / Activation of the AP-1 family of transcription factors / phosphatase activity / Fc-epsilon receptor signaling pathway / phosphoprotein phosphatase activity / regulation of macroautophagy / mitogen-activated protein kinase / stress-activated MAPK cascade / response to mechanical stimulus / dephosphorylation / response to UV / JNK cascade / cellular response to cadmium ion / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of protein metabolic process / NRIF signals cell death from the nucleus / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / negative regulation of protein binding / FCERI mediated MAPK activation / peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of circadian rhythm / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to mechanical stimulus / histone deacetylase binding / Negative regulation of MAPK pathway / rhythmic process / regulation of protein localization / cellular senescence / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / cellular response to oxidative stress / cytoplasmic vesicle / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / response to oxidative stress / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of apoptotic process / axon / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / synapse / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | |||||||||||||||
Authors | Liu, X. / Wang, J. / Wu, J.W. / Wang, Z.X. | |||||||||||||||
Funding support | China, 4items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2016 Title: A conserved motif in JNK/p38-specific MAPK phosphatases as a determinant for JNK1 recognition and inactivation. Authors: Liu, X. / Zhang, C.S. / Lu, C. / Lin, S.C. / Wu, J.W. / Wang, Z.X. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4yr8.cif.gz | 734 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4yr8.ent.gz | 612.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4yr8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/4yr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/4yr8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 42830.461 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 1-363 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MAPK8, JNK1, PRKM8, SAPK1, SAPK1C / Plasmid: PET21b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P45983, mitogen-activated protein kinase #2: Protein | Mass: 18918.904 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 156-301 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DUSP16, KIAA1700, MKP7 / Plasmid: PET15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q9BY84, protein-serine/threonine phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | SEQUENCE OF THE CHAINS A,C,E,F WAS BASED ON ISOFORM 4 OF DATABASE P45983 | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.1M HEPES, pH 7.0, 14% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 6% 1,6-Hexanediol, 0.005M EDTA |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 5, 2012 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→40 Å / Num. obs: 78865 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 28.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 14.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.609 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software | Name: PHENIX / Version: 1.8.4_1496 / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1UKH, 1ZZW Resolution: 2.4→38.02 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.97 / Phase error: 27.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→38.02 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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