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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v9h | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the ribosome bound to elongation factor G in the guanosine triphosphatase state | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / Bacterial Proteins (細菌) / Catalysis / Models / Molecular (分子) / Peptide Elongation Factor G / Protein Biosynthesis (タンパク質生合成) / Protein Conformation / Protein Structure (タンパク質構造) / Tertiary (第三紀) / RNA (リボ核酸) / Bacterial (細菌) / Messenger / Transfer / Ribosomes (リボソーム) / Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) / Hybrid state / Guanosine triphosphate (グアノシン三リン酸) / Guanosine triphosphatase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation elongation factor activity / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム ...translation elongation factor activity / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) Escherichia coli (大腸菌) Synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.857 Å | |||||||||
データ登録者 | Tourigny, D.S. / Fernandez, I.S. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2013 タイトル: Elongation factor G bound to the ribosome in an intermediate state of translocation. 著者: Tourigny, D.S. / Fernandez, I.S. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v9h.cif.gz | 3.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v9h.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v9h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/4v9h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/4v9h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 AAAVAXBABB
#1: RNA鎖 | 分子量: 492082.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: GenBank: 55771382 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 169887498 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 8156.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) |
#25: RNA鎖 | 分子量: 947935.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: GenBank: 55771382 |
#26: RNA鎖 | 分子量: 39540.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: GenBank: 55771382 |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 AJAKALAMANAOAPAQARASATABACADAEAFAGAHAIAU
#4: タンパク質 | 分子量: 11299.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN7 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 12606.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80376 |
#6: タンパク質 | 分子量: 13804.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN3 |
#7: タンパク質 | 分子量: 14078.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80377 |
#8: タンパク質 | 分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS |
#9: タンパク質 | 分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ76 |
#10: タンパク質 | 分子量: 9924.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3 |
#11: タンパク質 | 分子量: 11722.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS |
#12: タンパク質 | 分子量: 8155.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ0 |
#13: タンパク質 | 分子量: 8949.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP2 |
#14: タンパク質 | 分子量: 10921.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80380 |
#15: タンパク質 | 分子量: 26987.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80371 |
#16: タンパク質 | 分子量: 22862.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80372 |
#17: タンパク質 | 分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80373 |
#18: タンパク質 | 分子量: 16331.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 |
#19: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP8 |
#20: タンパク質 | 分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P17291 |
#21: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS |
#22: タンパク質 | 分子量: 14298.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80374 |
#24: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2960.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 AY
#23: タンパク質 | 分子量: 75741.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 遺伝子: EFG / プラスミド: pLysS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SHN5 |
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+50S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 BNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZB0B1B2BDB3B4B5B6B7B8B9BCBEBFBGBHBKBJBL
-非ポリマー , 3種, 143分子
#59: 化合物 | ChemComp-MG / #60: 化合物 | ChemComp-GCP / | #61: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 100mM MES pH 6.3, 75mM KCl, 6.0% PEG 20K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.857→39.6 Å / Num. all: 635092 / Num. obs: 635092 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.22 / Net I/σ(I): 7.56 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.857→3 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Rsym value: 1.38 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.857→39.6 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso max: 277.27 Å2 / Biso mean: 45.9069 Å2 / Biso min: 2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.857→39.6 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.857→2.931 Å
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