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- PDB-4v8u: Crystal Structure of 70S Ribosome with Both Cognate tRNAs in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v8u
タイトルCrystal Structure of 70S Ribosome with Both Cognate tRNAs in the E and P Sites Representing an Authentic Elongation Complex.
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • (50S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 30
  • (RNAリボ核酸) x 2
  • 16S RIBOSOMAL RNA16SリボソームRNA
  • 23S RIBOSOMAL RNA23SリボソームRNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA5SリボソームRNA
  • ELONGATION FACTOR GEF-G
  • MRNA伝令RNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / PROTEIN TRANSLATION (翻訳 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome ...translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Translation elongation factor EFG/EF2 / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV ...: / Translation elongation factor EFG/EF2 / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / 30S ribosomal protein / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L25, long-form / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L31 type A / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
フシジン酸 / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 ...フシジン酸 / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / EF-G / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Gao, Y.G. / Feng, S. / Chen, Y.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of 70S ribosome with both cognate tRNAs in the E and P sites representing an authentic elongation complex.
著者: Feng, S. / Chen, Y. / Gao, Y.G.
履歴
登録2012年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4B8F, 4B8G, 4B8H, 4B8I
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.src_method
改定 1.32019年6月12日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev ...audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _audit_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年10月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: 16S RIBOSOMAL RNA
AB: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
AC: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
AD: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
AE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
AF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
AG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
AH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
AI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
AJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
AK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
AL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
AM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
AN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 TYPE Z
AO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
AP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
AQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
AR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
AS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
AT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
AU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
AV: MRNA
AW: RNA
AX: RNA
AY: ELONGATION FACTOR G
B0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
B1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28
B2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
B3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
B4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31
B5: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
B6: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
B7: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
B8: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
B9: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
BA: 23S RIBOSOMAL RNA
BB: 5S RIBOSOMAL RNA
BC: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1
BD: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
BE: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
BF: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
BG: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
BH: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
BJ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10
BN: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
BO: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
BP: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
BQ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
BR: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
BS: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
BT: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
BU: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
BV: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
BW: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
BX: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
BY: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
BZ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
CA: 16S RIBOSOMAL RNA
CB: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
CC: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
CD: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
CE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
CF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
CG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
CH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
CI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
CJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
CK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
CL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
CM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
CN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 TYPE Z
CO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
CP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
CQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
CR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
CS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
CT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
CU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
CV: MRNA
CW: RNA
CX: RNA
CY: ELONGATION FACTOR G
D0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
D1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28
D2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
D3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
D4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31
D5: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
D6: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
D7: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
D8: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
D9: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
DA: 23S RIBOSOMAL RNA
DB: 5S RIBOSOMAL RNA
DC: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1
DD: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
DE: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
DF: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
DG: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
DH: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
DJ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10
DN: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
DO: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
DP: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
DQ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
DR: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
DS: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
DT: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
DU: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
DV: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
DW: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
DX: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
DY: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
DZ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,655,336128
ポリマ－4,652,844114
非ポリマー2,49214
水0
1
AA: 16S RIBOSOMAL RNA
AB: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
AC: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
AD: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
AE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
AF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
AG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
AH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
AI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
AJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
AK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
AL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
AM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
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AS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
AT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
AU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
AV: MRNA
AW: RNA
AX: RNA
AY: ELONGATION FACTOR G
B0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
B1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28
B2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
B3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
B4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31
B5: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
B6: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
B7: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
B8: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
B9: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
BA: 23S RIBOSOMAL RNA
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BW: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
BX: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
BY: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
BZ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,327,66864
ポリマ－2,326,42257
非ポリマー1,2467
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CA: 16S RIBOSOMAL RNA
CB: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
CC: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
CD: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
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CF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
CG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
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CJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
CK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
CL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
CM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
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CP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
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CT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
CU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
CV: MRNA
CW: RNA
CX: RNA
CY: ELONGATION FACTOR G
D0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
D1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28
D2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
D3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
D4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31
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D6: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
D7: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
D8: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
D9: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
DA: 23S RIBOSOMAL RNA
DB: 5S RIBOSOMAL RNA
DC: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1
DD: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
DE: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
DF: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
DG: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
DH: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
DJ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10
DN: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
DO: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
DP: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
DQ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
DR: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
DS: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
DT: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
DU: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
DV: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
DW: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
DX: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
DY: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
DZ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,327,66864
ポリマ－2,326,42257
非ポリマー1,2467
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)291.357, 269.425, 401.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 12分子 AACAAVCVAWCWAXCXBADABBDB

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: 55771382
#22: RNA鎖 MRNA / 伝令RNA


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
#23: RNA鎖 RNA / リボ核酸


分子量: 24816.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
#24: RNA鎖 RNA / リボ核酸


分子量: 8156.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
#36: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 947935.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: 55979969
#37: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 39540.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: 55979969

-
30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 40分子 ABCBACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCP...

#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2 /


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3 /


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80372
#4: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4 /


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5 /


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHQ5
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6 / / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SLP8
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7 /


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8 /


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9 /


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80374
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10 /


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHN7
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11 /


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80376
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12 /


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHN3
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13 /


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80377
#14: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 TYPE Z / リボソーム


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15 /


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SJ76
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16 /


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SJH3
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17 /


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18 /


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SLQ0
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19 /


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHP2
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20 /


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80380
#21: タンパク質・ペプチド 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX / リボソーム / S31


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SIH3

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AYCY

#25: タンパク質 ELONGATION FACTOR G / EF-G / EF-G


分子量: 76977.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHN5

+
50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 30種, 60分子 B0D0B1D1B2D2B3D3B4D4B5D5B6D6B7D7B8D8B9D9BCDCBDDDBEDEBFDFBGDG...

#26: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27 /


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P60493
#27: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28 /


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P60494
#28: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29 / / TL5


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHP6
#29: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30 /


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHQ6
#30: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31 /


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SJE1
#31: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32 /


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80339
#32: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33 /


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P35871
#33: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34 /


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P80340
#34: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35 /


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SKU1
#35: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36 / / RIBOSOMAL PROTEIN B


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHR2
#38: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1 /


分子量: 24872.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SLP7
#39: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2 /


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P60405
#40: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3 /


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHN8
#41: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4 / / L1E


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHN9
#42: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5 /


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHQ0
#43: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6 /


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHQ3, UniProt: P0DOY8*PLUS
#44: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10 /


分子量: 14741.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RESIDUES 4-133 ARE BUILT AS POLY-ALA
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
#45: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13 /


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P60488
#46: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14 /


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHP8
#47: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15 /


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHQ7
#48: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16 /


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P60489
#49: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17 /


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q9Z9H5
#50: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18 / / TL24


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHQ4
#51: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19 /


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P60490
#52: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20 /


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P60491
#53: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21 /


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: P60492
#54: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22 /


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHP3
#55: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23 /


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHP0
#56: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24 /


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHP9
#57: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25 / / TL5


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS HB8 (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHZ1

-
非ポリマー , 4種, 14分子

#58: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#59: 化合物 ChemComp-FUA / FUSIDIC ACID / フシジン酸 / フシジン酸


分子量: 516.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H48O6 / コメント: 抗生剤, 抗菌剤*YM
#60: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#61: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.4
詳細: 0.1M MES, PH6.5, 8.5-9.0% PEG20K, 0-25MM KCL, pH 6.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月18日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→50 Å / Num. obs: 657561 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 1.64 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 52.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.7→3.8 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASERモデル構築
CNS1.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.7→49.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 15310062.13 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 32878 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 657561 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.7341 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 102.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.19 Å20 Å2-8.64 Å2
2---2.3 Å20 Å2
3---0.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.76 Å0.72 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24371 35846 70 0 60287
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.45
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 5463 5 %
Rwork0.303 103797 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1GDP.PARDNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PROTEIN_REP.PARAMGDP.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAMION.TOP

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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