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Yorodumi- PDB-4v8k: Crystal structure of the LH1-RC complex from Thermochromatium tep... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4v8k | |||||||||
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Title | Crystal structure of the LH1-RC complex from Thermochromatium tepidum in P21 form | |||||||||
Components |
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Keywords | PHOTOSYNTHESIS | |||||||||
Function / homology | Function and homology information organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding ...organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Thermochromatium tepidum (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MIR / Resolution: 3.006 Å | |||||||||
Authors | Niwa, S. / Takeda, K. / Wang-Otomo, Z.-Y. / Miki, K. | |||||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2014 Title: Structure of the LH1-RC complex from Thermochromatium tepidum at 3.0 angstrom Authors: Niwa, S. / Yu, L.J. / Takeda, K. / Hirano, Y. / Kawakami, T. / Wang-Otomo, Z.Y. / Miki, K. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4v8k.cif.gz | 1.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4v8k.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 4v8k.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/4v8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/4v8k | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Photosynthetic reaction center ... , 4 types, 8 molecules ACBCALBLAMBMAHBH
#1: Protein | Mass: 43177.531 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Thermochromatium tepidum (bacteria) / References: UniProt: D2Z0P5 #2: Protein | Mass: 31520.771 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Thermochromatium tepidum (bacteria) / References: UniProt: D2Z0P3 #3: Protein | Mass: 36605.715 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Thermochromatium tepidum (bacteria) / References: UniProt: A8ASG6 #4: Protein | Mass: 28213.305 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Thermochromatium tepidum (bacteria) / References: UniProt: D2Z0P9 |
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-Protein / Protein/peptide , 2 types, 64 molecules AAADAFAIAKAOAQASAUAWAYA1A3A5A7A9BABDBFBIBKBOBQBSBUBWBYB1B3B5...
#5: Protein | Mass: 7034.442 Da / Num. of mol.: 32 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Thermochromatium tepidum (bacteria) / References: UniProt: D2Z0P2 #6: Protein/peptide | Mass: 5534.452 Da / Num. of mol.: 32 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Thermochromatium tepidum (bacteria) / References: UniProt: D2Z0P1 |
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-Non-polymers , 11 types, 190 molecules
#7: Chemical | ChemComp-HEM / #8: Chemical | ChemComp-CA / #9: Chemical | ChemComp-BCL / #10: Chemical | ChemComp-BPH / #11: Chemical | #12: Chemical | #13: Chemical | #14: Chemical | ChemComp-CRT / #15: Chemical | ChemComp-PEF / #16: Chemical | ChemComp-PO4 / #17: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.56 Å3/Da / Density % sol: 65.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.4 Details: 20mM Tris-HCl (pH 7.4), 50mM CaCl2, 0.54% DPC, 2% glycerol, 14% PEG 3000 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 0.9 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jan 30, 2011 |
Radiation | Monochromator: Si111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→50 Å / Num. all: 167629 / Num. obs: 167629 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 55.76 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 9.14 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.11 Å / Redundancy: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Rsym value: 0.377 / % possible all: 71.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MIR / Resolution: 3.006→43.794 Å / FOM work R set: 0.5941 / SU ML: 0.8 / σ(F): 3 / Phase error: 45.07 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 134.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.006→43.794 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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