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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v5l | ||||||||||||
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タイトル | The structure of EF-Tu and aminoacyl-tRNA bound to the 70S ribosome with a GTP analog | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / EF-TU (EF-Tu) / TRNA (転移RNA) / GDPCP / GTPASE (GTPアーゼ) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit ...translation elongation factor activity / large ribosomal subunit / regulation of translation / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Voorhees, R.M. / Schmeing, T.M. / Ramakrishnan, V. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2010 タイトル: The Mechanism for Activation of GTP Hydrolysis on the Ribosome. 著者: Voorhees, R.M. / Schmeing, T.M. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V. | ||||||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v5l.cif.gz | 3.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v5l.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v5l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/4v5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/4v5l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 7分子 AAAVAWAXAYBABB
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: CHAIN A (16S RNA) HAS E.COLI NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E. COLI STRUCTURE IN 2AVY. 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: GenBank: 55979969 | ||||||||
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#22: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 #23: RNA鎖 | | 分子量: 4495.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) #24: RNA鎖 | | 分子量: 24813.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 #36: RNA鎖 | | 分子量: 947975.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: CHAIN A (23S RNA) HAS E.COLI RESIDUE NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E. COLI STRUCTURE IN 2AW4 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: GenBank: 55979969 #37: RNA鎖 | | 分子量: 39540.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: GenBank: 55979969 |
-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAU
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P80371 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P80372 |
#4: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P80373 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P27152, UniProt: Q5SHQ5*PLUS |
#6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P23370, UniProt: Q5SLP8*PLUS |
#7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P62667, UniProt: P17291*PLUS |
#8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P24319, UniProt: P0DOY9*PLUS |
#9: タンパク質 | 分子量: 14429.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P62669 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P80375, UniProt: Q5SHN7*PLUS |
#11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P80376 |
#12: タンパク質 | 分子量: 14920.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P17293, UniProt: Q5SHN3*PLUS |
#13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P80377 |
#14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P24320, UniProt: P0DOY6*PLUS |
#15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P80378, UniProt: Q5SJ76*PLUS |
#16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 1-17 AND 21-91 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P80379, UniProt: Q5SJH3*PLUS |
#17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS |
#18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P62659, UniProt: Q5SLQ0*PLUS |
#19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P80381, UniProt: Q5SHP2*PLUS |
#20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P80380 |
#21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8-MRC-MSAW1 / 参照: UniProt: P62612, UniProt: Q5SIH3*PLUS |
-タンパク質 , 1種, 1分子 AZ
#25: タンパク質 | 分子量: 44709.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED USING RECOMBINANT TECHNIQUES 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P60339 |
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+50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 31種, 31分子 B0B1B2B3B4B5B6B7B8B9BCBDBEBFBGBHBJBKBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZ
-非ポリマー , 5種, 8分子
#59: 化合物 | ChemComp-PAR / | ||||||
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#60: 化合物 | ChemComp-ZN / #61: 化合物 | ChemComp-GCP / | #62: 化合物 | ChemComp-MG / | #63: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.73 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.3 詳細: 100 MM MES PH 6.3, 60-100 MM KCL, 50 MM SUCROSE, 1% GLYCEROL, AND 5.3% (W/V) PEG20K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 537024 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 1.16 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 56.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 6.98 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 1.26 / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / % possible all: 89.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2WRO 2wro 解像度: 3.1→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 9936247 / Data cutoff low absF: 0.9 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.6038 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 85.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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