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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v5e | |||||||||
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タイトル | Insights into translational termination from the structure of RF2 bound to the ribosome | |||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / RIBOSOMAL PROTEIN / RIBONUCLEOPROTEIN (核タンパク質) / TERMINATION / RRNA-BINDING / TRNA-BINDING / METAL-BINDING / RF2 / TRNA (転移RNA) / MRNA (伝令RNA) / PROTEIN BIOSYNTHESIS (タンパク質生合成) / ZINC-FINGER (ジンクフィンガー) / RNA-BINDING / TRANSLATION (翻訳 (生物学)) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation release factor activity, codon specific / large ribosomal subunit / regulation of translation / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit ...translation release factor activity, codon specific / large ribosomal subunit / regulation of translation / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å | |||||||||
データ登録者 | Weixlbaumer, A. / Jin, H. / Neubauer, C. / Voorhees, R.M. / Petry, S. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2008 タイトル: Insights Into Translational Termination from the Structure of Rf2 Bound to the Ribosome. 著者: Weixlbaumer, A. / Jin, H. / Neubauer, C. / Voorhees, R.M. / Petry, S. / Kelley, A.C. / Ramakrishnan, V. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v5e.cif.gz | 7.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v5e.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v5e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/4v5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/4v5e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2j00 S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 5種, 12分子 AACAAVAWCVCWAXCXBADABBDB
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: CHAIN A (16S RNA) HAS E.COLI NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E.COLI STRUCTURE IN 2AVY. 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 #22: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #23: RNA鎖 | 分子量: 2511.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #35: RNA鎖 | 分子量: 943401.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: CHAIN A (23S RNA) HAS E.COLI RESIDUE NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E. COLI STRUCTURE IN 2AW4 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 #36: RNA鎖 | 分子量: 39494.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 |
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-30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 40分子 ABCBACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCOAPCP...
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80371 #3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80372 #4: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80373 #5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 #6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP8 #7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P17291 #8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: P0DOY9*PLUS #9: タンパク質 | 分子量: 14429.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P62669, UniProt: P80374*PLUS #10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN7 #11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80376 #12: タンパク質 | 分子量: 14637.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN3 #13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80377 #14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: P0DOY6*PLUS #15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ76 #16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3 #17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: P0DOY7*PLUS #18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ0 #19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP2 #20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: P80380 #21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 AYCY
#24: タンパク質 | 分子量: 39829.191 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 6-356 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SM01 |
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+50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 33種, 64分子 B0D0B1D1B2D2B3D3B4D4B5D5B6D6B7D7B8D8B9D9BCDCBDDDBEDEBFDFBGDG...
-非ポリマー , 2種, 1098分子
#60: 化合物 | ChemComp-MG / #61: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.24 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.1 / 詳細: SEE SELMER ET AL., SCIENCE 2006, pH 7.1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99988 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月20日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99988 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.45→50 Å / Num. obs: 759980 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.75 / 冗長度: 5.46 % / Biso Wilson estimate: 44.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 8.19 |
反射 シェル | 解像度: 3.45→3.5 Å / 冗長度: 3.63 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2J00 2j00 解像度: 3.45→49.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 21043907.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.17 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 88.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.45→49.57 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.45→3.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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