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- PDB-4ryp: Crystal Structure of T. Brucei Farnesyl Diphosphate Synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ryp
タイトルCrystal Structure of T. Brucei Farnesyl Diphosphate Synthase
要素Farnesyl pyrophosphate synthaseジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Cao, R. / Liu, Y.-L. / Oldfield, E.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2015
タイトル: Farnesyl diphosphate synthase inhibitors with unique ligand-binding geometries.
著者: Liu, Y.L. / Cao, R. / Wang, Y. / Oldfield, E.
履歴
登録2014年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
B: Farnesyl pyrophosphate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9512
ポリマ－88,9512
非ポリマー00
水3,171176
1
A: Farnesyl pyrophosphate synthase

A: Farnesyl pyrophosphate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9512
ポリマ－88,9512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6280 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area28580 Å2
手法PISA
2
B: Farnesyl pyrophosphate synthase

B: Farnesyl pyrophosphate synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9512
ポリマ－88,9512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6480 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area28260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.331, 119.439, 62.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Farnesyl pyrophosphate synthase / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ


分子量: 44475.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86C09
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75
詳細: 10% MPD, 0.1 AMMONIUM ACETATE, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月6日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 42016 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 76.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OGD

2ogd


解像度: 2.21→29.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 5.992 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 2106 5 %RANDOM
Rwork0.1802 ---
obs0.1834 42013 96.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.44 Å2 / Biso mean: 51.919 Å2 / Biso min: 26.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→29.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5595 0 0 176 5771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0195706
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025385
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6691.9617710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.859312380
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.344.9292785
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3264.9272784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0627.3573469
LS精密化 シェル解像度: 2.208→2.265 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 105 -
Rwork0.228 2229 -
all-2334 -
obs--73.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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