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- PDB-4pa0: Omecamtiv Mercarbil binding site on the Human Beta-Cardiac Myosin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pa0
タイトルOmecamtiv Mercarbil binding site on the Human Beta-Cardiac Myosin Motor Domain
要素Myosin-7,Green fluorescent protein
キーワードMotor/Fluorescent Protein / Cardiac (心臓) / Myosin (ミオシン) / Motor (機関 (機械)) / omecamtiv mercarbil / Motor-Fluorescent Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / muscle myosin complex / muscle filament sliding / regulation of the force of heart contraction / transition between fast and slow fiber / myosin filament / myosin II complex / adult heart development / cardiac muscle hypertrophy in response to stress ...regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / muscle myosin complex / muscle filament sliding / regulation of the force of heart contraction / transition between fast and slow fiber / myosin filament / myosin II complex / adult heart development / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / myosin complex / sarcomere organization / microfilament motor activity / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / myofibril / skeletal muscle contraction / striated muscle contraction / ATP metabolic process / stress fiber / cardiac muscle contraction / regulation of heart rate / sarcomere / 生物発光 / muscle contraction / generation of precursor metabolites and energy / Z disc / actin filament binding / calmodulin binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) ...DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Kinesin motor domain superfamily / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2OW / Myosin-7 / 緑色蛍光タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Winkelmann, D.A. / Miller, M.T. / Stock, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association10GRNT4300022 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for drug-induced allosteric changes to human beta-cardiac myosin motor activity.
著者: Winkelmann, D.A. / Forgacs, E. / Miller, M.T. / Stock, A.M.
履歴
登録2014年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-7,Green fluorescent protein
B: Myosin-7,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,2997
ポリマ－233,2202
非ポリマー1,0795
水5,513306
1
A: Myosin-7,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,0112
ポリマ－116,6101
非ポリマー4011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Myosin-7,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,2885
ポリマ－116,6101
非ポリマー6784
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.167, 88.924, 137.786
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細monomer in solution based on gel filtration

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要素

#1: タンパク質 Myosin-7,Green fluorescent protein / Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac ...Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac muscle beta isoform / MyHC-beta


分子量: 116609.812 Da / 分子数: 2
断片: UNP P12883 residues 1-787, UNP P42212 residues 5-234
変異: Q80R, V163A, I167T, S175G, D190N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cloned cDNA
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
組織: muscle骨格筋 / Cell: cardiomyocyte / 遺伝子: MYH7, MYHCB, GFP / 器官: Heart心臓
詳細 (発現宿主): replication defective adenovirus infection
Cell (発現宿主): myoblast / 細胞株 (発現宿主): C2C12 cells / 器官 (発現宿主): skeletal muscle / 発現宿主: Mus (ネズミ) / 組織 (発現宿主): muscle / 参照: UniProt: P12883, UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-2OW / methyl 4-(2-fluoro-3-{[(6-methylpyridin-3-yl)carbamoyl]amino}benzyl)piperazine-1-carboxylate / omecamtiv mercarbil / オメカムチブメカルビル / Omecamtiv mecarbil


分子量: 401.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24FN5O3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細YKDHD are a minimal Flag epitope tag engineered into the sequence to facilitate purification by the author

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 % / 解説: small orthorhombic crystals, green in color
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Tacsimate, pH 6.0, PEG 3350, glycerol, MgCL2, TCEP and ligand, omecamptiv mercarbil
PH範囲: 5.8-6.4 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
Ambient temp details: crystals cryopreserved in mother liquor
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月24日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→46.042 Å / Num. obs: 106961 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.499 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 84

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1692) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P7H

4p7h


解像度: 2.25→45.961 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 5383 5.03 %Xtriage
Rwork0.2012 ---
obs0.2034 106961 93.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→45.961 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14595 0 76 306 14977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01114988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32720283
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4195364
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.27560.36551560.32633043X-RAY DIFFRACTION83
2.2756-2.30240.36861720.31592985X-RAY DIFFRACTION84
2.3024-2.33040.35721510.31983078X-RAY DIFFRACTION84
2.3304-2.35990.36091640.30863019X-RAY DIFFRACTION84
2.3599-2.3910.33441570.30753091X-RAY DIFFRACTION85
2.391-2.42370.36461890.29753072X-RAY DIFFRACTION86
2.4237-2.45840.34691660.28733139X-RAY DIFFRACTION86
2.4584-2.4950.29841700.28683151X-RAY DIFFRACTION87
2.495-2.5340.32371630.27663160X-RAY DIFFRACTION88
2.534-2.57560.33731920.26443225X-RAY DIFFRACTION90
2.5756-2.620.27781640.25053331X-RAY DIFFRACTION92
2.62-2.66760.32782080.24893299X-RAY DIFFRACTION93
2.6676-2.71890.28941780.23993379X-RAY DIFFRACTION93
2.7189-2.77440.24581920.22993434X-RAY DIFFRACTION94
2.7744-2.83470.28531890.22323377X-RAY DIFFRACTION94
2.8347-2.90070.28691890.22133431X-RAY DIFFRACTION95
2.9007-2.97320.28141770.21643503X-RAY DIFFRACTION96
2.9732-3.05360.30021730.21833469X-RAY DIFFRACTION95
3.0536-3.14340.24251900.20683451X-RAY DIFFRACTION96
3.1434-3.24480.23851720.19653509X-RAY DIFFRACTION96
3.2448-3.36080.24731870.19463551X-RAY DIFFRACTION97
3.3608-3.49530.23141830.18243534X-RAY DIFFRACTION98
3.4953-3.65430.21051700.17753622X-RAY DIFFRACTION99
3.6543-3.84690.19341760.16593670X-RAY DIFFRACTION100
3.8469-4.08770.19632190.16683582X-RAY DIFFRACTION100
4.0877-4.40310.20141630.15373691X-RAY DIFFRACTION100
4.4031-4.84580.18682030.14993642X-RAY DIFFRACTION100
4.8458-5.5460.21261710.16753697X-RAY DIFFRACTION100
5.546-6.98340.22961960.19963680X-RAY DIFFRACTION100
6.9834-45.97080.21172030.1613763X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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