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Yorodumi- PDB-4p3h: Crystal structure of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSH... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4p3h | ||||||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) protease in complex with dimer disruptor | ||||||||||||||||||||||||
Components | KSHV protease | ||||||||||||||||||||||||
Keywords | HYDROLASE / protein-protein interaction inhibition / serine protease / inhibitor complex / beta barrel and alpha helices | ||||||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information viral process / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / proteolysis Similarity search - Function | ||||||||||||||||||||||||
Biological species | Human herpesvirus 8 | ||||||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45 Å | ||||||||||||||||||||||||
Authors | Gable, J.E. | ||||||||||||||||||||||||
Funding support | United States, 7items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2014 Title: Broad-spectrum allosteric inhibition of herpesvirus proteases. Authors: Gable, J.E. / Lee, G.M. / Jaishankar, P. / Hearn, B.R. / Waddling, C.A. / Renslo, A.R. / Craik, C.S. | ||||||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4p3h.cif.gz | 244.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4p3h.ent.gz | 200.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4p3h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p3h | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4p2tC 3njqS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit. |
-Components
#1: Protein | Mass: 21193.111 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-196 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human herpesvirus 8 / Gene: ORF17 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O36607 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 0.1M sodium acetate pH 7.8, 0.88 M NaH2PO4, 1.32 M K2HPO4, 0.2 M KCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 17, 2013 / Details: mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.43→59.812 Å / Num. all: 1497653 / Num. obs: 135014 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 10.2 % / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.102 / Rsym value: 0.096 / Net I/av σ(I): 4.214 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 748120 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0 / % possible all: 100
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3NJQ Resolution: 1.45→59.812 Å / FOM work R set: 0.8371 / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.58 / Phase error: 23.24 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 228.14 Å2 / Biso mean: 38.35 Å2 / Biso min: 11.47 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.45→59.812 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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