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万見
- PDB-4mp0: Structure of a second nuclear PP1 Holoenzyme, crystal form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mp0
タイトルStructure of a second nuclear PP1 Holoenzyme, crystal form 2
要素(Serine/threonine-protein phosphatase ...) x 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Serine/threonine phosphatase / Nucleus (Nucleus)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitotic DNA damage checkpoint / regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / グリコーゲン / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of telomere maintenance / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of canonical Wnt signaling pathway ...negative regulation of mitotic DNA damage checkpoint / regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / グリコーゲン / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of telomere maintenance / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / protein phosphatase inhibitor activity / myosin phosphatase activity / branching morphogenesis of an epithelial tube / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / entrainment of circadian clock by photoperiod / Triglyceride catabolism / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / DARPP-32 events / ribonucleoprotein complex binding / 脱リン酸化 / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / response to lead ion / 接着結合 / circadian regulation of gene expression / lung development / regulation of circadian rhythm / Circadian Clock / presynapse / perikaryon / 樹状突起スパイン / chromosome, telomeric region / nuclear body / 細胞周期 / 細胞分裂 / glutamatergic synapse / クロマチン / 核小体 / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / TFIIS helical bundle-like domain / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS N-terminal domain profile. / Zinc finger, CCCH-type superfamily / ジンクフィンガー ...Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / TFIIS helical bundle-like domain / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS N-terminal domain profile. / Zinc finger, CCCH-type superfamily / ジンクフィンガー / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リン酸塩 / Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10 / Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.1003 Å
データ登録者Choy, M.S. / Hieke, M. / Peti, W. / Page, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Understanding the antagonism of retinoblastoma protein dephosphorylation by PNUTS provides insights into the PP1 regulatory code.
著者: Choy, M.S. / Hieke, M. / Kumar, G.S. / Lewis, G.R. / Gonzalez-Dewhitt, K.R. / Kessler, R.P. / Stein, B.J. / Hessenberger, M. / Nairn, A.C. / Peti, W. / Page, R.
履歴
登録2013年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
C: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
B: Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10
D: Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,35612
ポリマ－78,7624
非ポリマー5948
水5,675315
1
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
B: Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7707
ポリマ－39,3812
非ポリマー3895
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
2
C: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
D: Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5865
ポリマ－39,3812
非ポリマー2053
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area12200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.407, 92.407, 199.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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Serine/threonine-protein phosphatase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / PP-1A


分子量: 34162.148 Da / 分子数: 2 / 断片: PP1 alpha catalytic subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1CA, PPP1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド Serine/threonine-protein phosphatase 1 regulatory subunit 10 / MHC class I region proline-rich protein CAT53 / Phosphatase 1 nuclear targeting subunit / Protein PNUTS


分子量: 5218.873 Da / 分子数: 2 / 断片: PP1 Nuclear Targeting Subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ppp1r10, Cat53, Pnuts / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O55000

-
非ポリマー , 4種, 323分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2% v/v Tacsimate, 0.1 M Tris, 16% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月15日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 51312 / Num. obs: 51308 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1003→49.836 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.49 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2017 2578 5.04 %Random
Rwork0.1724 ---
all0.1739 51238 --
obs0.1739 51197 99.92 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1003→49.836 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5040 0 26 315 5381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8077133
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0651874
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03775
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002919
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1003-2.14070.26481390.21732642X-RAY DIFFRACTION99
2.1407-2.18440.23361320.19622635X-RAY DIFFRACTION100
2.1844-2.23180.23381380.19042652X-RAY DIFFRACTION100
2.2318-2.28380.23561360.18592676X-RAY DIFFRACTION100
2.2838-2.34090.21961370.17722666X-RAY DIFFRACTION100
2.3409-2.40420.19211440.17332648X-RAY DIFFRACTION100
2.4042-2.47490.20971570.16722660X-RAY DIFFRACTION100
2.4749-2.55480.20131400.17052663X-RAY DIFFRACTION100
2.5548-2.64610.20171590.17212667X-RAY DIFFRACTION100
2.6461-2.7520.19231280.16962685X-RAY DIFFRACTION100
2.752-2.87730.20721350.17832701X-RAY DIFFRACTION100
2.8773-3.02890.22371450.16952682X-RAY DIFFRACTION100
3.0289-3.21870.18591420.18832698X-RAY DIFFRACTION100
3.2187-3.46720.21981450.17322720X-RAY DIFFRACTION100
3.4672-3.8160.20281480.17362716X-RAY DIFFRACTION100
3.816-4.36780.15731530.14712755X-RAY DIFFRACTION100
4.3678-5.50190.181500.15392790X-RAY DIFFRACTION100
5.5019-49.84950.22911500.18832963X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.97950.083-0.05341.39910.46622.40750.0047-0.0094-0.07640.0264-0.037-0.01170.0622-0.13560.02420.1125-0.0007-0.0150.2417-0.01580.251385.666628.399383.0188
21.1327-0.06050.10970.8089-0.00852.5536-0.0944-0.11890.22950.1659-0.0773-0.0678-1.31040.8582-0.01630.7849-0.2907-0.08660.4118-0.0310.318394.93565.392678.3415
30.3721-0.3411-0.14471.95290.051.496-0.02580.04070.4910.0169-0.05620.0571-0.128-0.51250.0170.191-0.0581-0.05450.4909-0.1180.535172.238723.08377.8746
40.5503-0.0082-0.63010.11950.02790.65930.0382-0.10140.07060.247-0.12870.3335-0.915-0.01770.03261.60160.1051-0.1840.6166-0.21310.924984.173876.161882.8135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 300 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 7 through 297 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 396 through 425 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 397 through 424 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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