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Yorodumi- PDB-4kzw: Structure of the carbohydrate-recognition domain of the C-type le... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kzw | ||||||
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Title | Structure of the carbohydrate-recognition domain of the C-type lectin mincle | ||||||
Components | C-TYPE LECTIN MINCLE | ||||||
Keywords | Carbohydrate-binding protein / C-type lectin / carbohydrate recognition domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information Dectin-2 family / T cell differentiation involved in immune response / antifungal innate immune response / glycolipid binding / Fc-gamma receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of cytokine production / phagocytic vesicle membrane / carbohydrate binding ...Dectin-2 family / T cell differentiation involved in immune response / antifungal innate immune response / glycolipid binding / Fc-gamma receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of cytokine production / phagocytic vesicle membrane / carbohydrate binding / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / calcium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Feinberg, H. / Jegouzo, S.A.F. / Rowntree, T.J.W. / Guan, Y. / Brash, M.A. / Taylor, M.E. / Weis, W.I. / Drickamer, K. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2013 Title: Mechanism for Recognition of an Unusual Mycobacterial Glycolipid by the Macrophage Receptor Mincle. Authors: Feinberg, H. / Jegouzo, S.A. / Rowntree, T.J. / Guan, Y. / Brash, M.A. / Taylor, M.E. / Weis, W.I. / Drickamer, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kzw.cif.gz | 129.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kzw.ent.gz | 107.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kzw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/4kzw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/4kzw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15740.721 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: CARBOHYDRATE RECOGNITION DOMAIN (UNP RESIDUES 79-208) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bos taurus (cattle) / Gene: CLEC4E / Plasmid: pT5T / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: E1BHM0 #2: Chemical | ChemComp-FLC / | #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE MATCHES NCBI SEQUENCE XM_592701.4, AND THE CONFLICT AT RESIDUE 174 ...AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE MATCHES NCBI SEQUENCE XM_592701.4, AND THE CONFLICT AT RESIDUE 174 IS A KNOWN POLYMORPHI | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: Protein: 3.5 mg/ml mincle, 2.5 mM CaCl2, 10 mM Tris-Cl, pH 8.0, 25 mM NaCl. Reservoir: 20% polyethylene glycol 4,000, 20% 2-propanol and 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, ...Details: Protein: 3.5 mg/ml mincle, 2.5 mM CaCl2, 10 mM Tris-Cl, pH 8.0, 25 mM NaCl. Reservoir: 20% polyethylene glycol 4,000, 20% 2-propanol and 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL11-1 / Wavelength: 0.97945 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97945 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→33.72 Å / Num. obs: 24890 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 10.4 % / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 33.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85→33.72 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8395 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / Phase error: 23.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 122.71 Å2 / Biso mean: 48.2 Å2 / Biso min: 21.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→33.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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