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Yorodumi- PDB-4hpe: Crystal structure of a putative cell wall hydrolase (CD630_03720)... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hpe | ||||||
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Title | Crystal structure of a putative cell wall hydrolase (CD630_03720) from Clostridium difficile 630 at 2.38 A resolution | ||||||
Components | Putative cell wall hydrolase Tn916-like,CTn1-Orf17 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Two domains protein / Slt/lysozyme-like muramidase / NlpC/P60 LD endopeptidase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Clostridium difficile (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.38 Å | ||||||
Authors | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of a putative cell wall hydrolase (CD630_03720) from Clostridium difficile 630 at 2.38 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hpe.cif.gz | 679.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hpe.ent.gz | 566.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hpe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/4hpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/4hpe | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4fdyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33858.453 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 29-335 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium difficile (bacteria) / Strain: 630 / Gene: CD630_03720, YP_001086839.1 / Plasmid: SpeedET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): HK100 / References: UniProt: Q18DB2 #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE CONSTRUCT (29-335) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (29-335) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.1 Details: 20.00% 2-propanol, 24.00% polyethylene glycol 4000, 0.1M sodium citrate - citric acid pH 5.1, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.9794 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 17, 2012 Details: Rhodium-coated vertical and horizontal focusing mirrors; liquid-nitrogen cooled double crystal Si(111) monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.38→49.396 Å / Num. obs: 76631 / % possible obs: 84.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 48.904 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 6.53 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4FDY Resolution: 2.38→49.396 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9441 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9278 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 Details: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...Details: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. CL AND GOL MODELED ARE PRESENT IN PROTEIN/CRYO CONDITIONS. 4. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). 5. CYS242 IS OXIDIZED (OCS) BASED ON ELECTRON DENSITY.
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Displacement parameters | Biso max: 139.82 Å2 / Biso mean: 50.0773 Å2 / Biso min: 21.88 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.325 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.38→49.396 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.38→2.44 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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