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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hcd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of D-glucarate dehydratase from agrobacterium tumefaciens complexed with magnesium | ||||||
要素 | Isomerase/lactonizing enzyme | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Enolase fold / D-GLUCARATE DEHYDRATASE / D-GLUCARATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Sakai, A. / Millikin, C. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of D-glucarate dehydratase from agrobacterium tumefaciens complexed with magnesium 著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Sakai, A. / Millikin, C. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hcd.cif.gz | 102.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hcd.ent.gz | 81.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hcd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hcd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hc/4hcd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4hcm |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
| x 8|||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45696.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu3453 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CSI0 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 3.0M SODIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月20日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→24.913 Å / Num. all: 52225 / Num. obs: 52225 / % possible obs: 99.88 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→24.913 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.913 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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