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Yorodumi- PDB-4eld: Crystal Structure of an Activated Variant of Small Heat Shock Pro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4eld | ||||||
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Title | Crystal Structure of an Activated Variant of Small Heat Shock Protein Hsp16.5 | ||||||
Components | Small heat shock protein HSP16.5 | ||||||
Keywords | CHAPERONE | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein folding chaperone / response to salt stress / response to hydrogen peroxide / : / unfolded protein binding / protein folding / protein complex oligomerization / response to heat / protein stabilization / protein-containing complex ...protein folding chaperone / response to salt stress / response to hydrogen peroxide / : / unfolded protein binding / protein folding / protein complex oligomerization / response to heat / protein stabilization / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Methanocaldococcus jannaschii (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.701 Å | ||||||
Authors | Spiller, B.W. / Mchaourab, H.S. / Lin, Y.-L. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2012 Title: Crystal structure of an activated variant of small heat shock protein hsp16.5. Authors: McHaourab, H.S. / Lin, Y.L. / Spiller, B.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4eld.cif.gz | 107.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4eld.ent.gz | 84.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4eld.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4eld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4eld | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1shsS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 24|||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 17755.477 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Methanocaldococcus jannaschii (archaea) Strain: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 Gene: MJ0285 / Plasmid: pET20b-derived / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q57733 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.69 Å3/Da / Density % sol: 66.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 1.8 M ammonium sulfate, 20 mM Tris, pH 8.0, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.97945 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 30, 2006 |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97945 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. all: 15068 / Num. obs: 14902 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 80 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 29.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.9 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1SHS Resolution: 2.701→49.332 Å / SU ML: 0.75 / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.621 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.75 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.701→49.332 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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