+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dmg | ||||||
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Title | Thermus thermophilus m5C1942 methyltransferase RlmO | ||||||
Components | Putative uncharacterized protein TTHA1493 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / rRNA / methyltransferase / S-adenosyl-methionine / 23S ribosomal RNA | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Thermus thermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Larsen, H.G. / Rasmussen, A. / Giessing, A.M.B. / Jogl, G. / Kirpekar, F. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2012 Title: Identification and Characterization of the Thermus thermophilus 5-Methylcytidine (m5C) Methyltransferase Modifying 23 S Ribosomal RNA (rRNA) Base C1942. Authors: Larsen, L.H. / Rasmussen, A. / Giessing, A.M. / Jogl, G. / Kirpekar, F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dmg.cif.gz | 330.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dmg.ent.gz | 269.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dmg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmg | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44701.355 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermus thermophilus (bacteria) / Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / Gene: TTHA1493 / Plasmid: pET26b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q5SI81 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 42.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 10% MPD, 50mM sodium citrate, 5mM AdoMet, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4A / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Oct 14, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: KOHZU DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→30 Å / Num. all: 81685 / Num. obs: 81685 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.071 / Net I/σ(I): 9.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7→27.371 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.74 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.273 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 251 Å2 / Biso mean: 28.2414 Å2 / Biso min: 8.34 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.7→27.371 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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