+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3wzm | ||||||
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Title | ZEN lactonase mutant complex | ||||||
Components | Zearalenone hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / alpha/beta-hydrolase / lactonase / zearalenone | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Clonostachys rosea (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.48 Å | ||||||
Authors | Ko, T.P. / Huang, C.H. / Liu, J.R. / Guo, R.T. | ||||||
Citation | Journal: RSC ADV / Year: 2014 Title: Crystal structure and substrate-binding mode of the mycoestrogen-detoxifying lactonase ZHD from Clonostachys rosea Authors: Peng, W. / Ko, T.P. / Yang, Y. / Zheng, Y. / Chen, C.C. / Zhu, Z. / Huang, C.H. / Zeng, Y.F. / Huang, J.W. / Wand, A.H.-J. / Liu, J.R. / Guo, R.T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3wzm.cif.gz | 333.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3wzm.ent.gz | 273.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3wzm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/3wzm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/3wzm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3wzlSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 30482.430 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: S102A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clonostachys rosea (fungus) / Gene: zhd101 / Plasmid: pET-46 Ek/LIC / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8NKB0 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 24% PEG 2000 MME, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, Soaking with Reservoir + 10mM zearalenone) , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL13B1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Nov 21, 2013 |
Radiation | Monochromator: Si 111 Channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.48→20 Å / Num. all: 38853 / Num. obs: 38626 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / Redundancy: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 34 |
Reflection shell | Resolution: 2.48→2.57 Å / Redundancy: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 97.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB 3WZL Resolution: 2.48→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 17.529 / SU ML: 0.184 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.443 / ESU R Free: 0.292 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.646 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.48→19.95 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.482→2.614 Å / Total num. of bins used: 10 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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