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- PDB-3vfj: The structure of monodechloro-teicoplanin in complex with its lig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vfj
タイトルThe structure of monodechloro-teicoplanin in complex with its ligand, using MBP as a ligand carrier
要素
  • Maltose-binding periplasmic protein, C-terminal fused by Cys-Lys-D-Ala-D-Ala
  • MonodeChloro- Teicoplanin A2-2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN/ANTIBIOTIC / teicoplanin (テイコプラニン) / acetylation of cyteine with iodoacetate modification / SUGAR BINDING PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / DNA damage response / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MonodeChloro- Teicoplanin A2-2 / 酢酸塩 / CACODYLATE ION / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / alpha-D-mannopyranose / 8-METHYLNONANOIC ACID / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Economou, N.J. / Weeks, S.D. / Grasty, K.C. / Loll, P.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of the complex between teicoplanin and a bacterial cell-wall peptide: use of a carrier-protein approach.
著者: Economou, N.J. / Zentner, I.J. / Lazo, E. / Jakoncic, J. / Stojanoff, V. / Weeks, S.D. / Grasty, K.C. / Cocklin, S. / Loll, P.J.
履歴
登録2012年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Structure summary
改定 1.22013年3月13日Group: Structure summary
改定 1.32013年3月27日Group: Derived calculations
改定 1.42013年4月3日Group: Derived calculations
改定 1.52013年6月19日Group: Database references
改定 1.62014年12月10日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein, C-terminal fused by Cys-Lys-D-Ala-D-Ala
G: MonodeChloro- Teicoplanin A2-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,18318
ポリマ－42,5152
非ポリマー1,66816
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area16900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.320, 123.610, 156.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

ZN

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AG

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein, C-terminal fused by Cys-Lys-D-Ala-D-Ala / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 41342.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: four C-terminal amino acids added non-recombinantly with native chemical ligation
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9
#2: タンパク質・ペプチド MonodeChloro- Teicoplanin A2-2


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤抗生物質 / 分子量: 1172.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Actinoplanes teichomyceticus (バクテリア)
参照: MonodeChloro- Teicoplanin A2-2

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糖 , 3種, 3分子

#6: 糖 ChemComp-GCS / 2-amino-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 2-AMINO-2-DEOXY-D-GLUCOSE / β-D-グルコサミン / グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤抗生物質 / 分子量: 179.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13NO5 / 参照: MonodeChloro- Teicoplanin A2-2
識別子タイププログラム
DGlcpNbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤抗生物質 / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / 参照: MonodeChloro- Teicoplanin A2-2
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / α-D-マンノピラノ-ス / マンノース


タイプ: D-saccharide, alpha linking, Glycopeptide / クラス: 抗生剤抗生物質 / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / 参照: MonodeChloro- Teicoplanin A2-2
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 168分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン / カコジル酸


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#7: 化合物 ChemComp-T55 / 8-METHYLNONANOIC ACID / 8-メチルノナン酸


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤抗生物質 / 分子量: 172.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2 / 参照: MonodeChloro- Teicoplanin A2-2
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細AUTHORS STATED THE FOLLOWING: THE STARTING MATERIAL HAD TEICOPLANIN A2-2 THAT CONTAINED TWO ...AUTHORS STATED THE FOLLOWING: THE STARTING MATERIAL HAD TEICOPLANIN A2-2 THAT CONTAINED TWO CHLORINE ATOMS. THE ACTUAL CRYSTALS CONTAINED BOTH CHLORINE ATOMS BEFORE THEY WERE EXPOSED TO X-RAYS. ONE CHLORINE WAS REMOVED FROM TEICOPLANIN BY X-IRRADIATION DAMAGE EARLY IN THE DIFFRACTION EXPERIMENT TEICOPLANIN IS A FAMILY OF TETRACYCLIC GLYCOPEPTIDE ANTIBIOTICS. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE FURTHER GLYCOSYLATED BY THREE MONO SACCHARIDES: MANNOSE, N-ACETYLGLUCOSAMINE AND BETA-D-GLUCOSAMINE AND ONLY DIFFER BY THE SIDE CHAIN ATTACHED TO THE LATTER. TEICOPLANIN A2-2 HAS 8-METHYLNONANOIC ACID ATTACHED TO GLUCOSAMINE. HERE, TEICOPLANIN A2-2 WAS UNDER RADIATION DAMAGE, WHICH CAUSES THE LOSS OF ONE CHLORINE ATOM.
配列の詳細C-TERMINAL FUSED BY LINKER AND MODIFIED CYS-LYS-D-ALA-D-ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate 6.5, 16% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月10日
放射モノクロメーター: Si(111)side bounce monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→39.89 Å / Num. obs: 47482 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.6.2_432精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→39.89 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 2385 5.02 %
Rwork0.188 --
obs0.1901 47469 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.663 Å2 / ksol: 0.392 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6758 Å2-0 Å20 Å2
2---4.739 Å2-0 Å2
3---4.0632 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→39.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2993 0 73 155 3221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063136
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0454271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9541153
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067461
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008551
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.12330.30952540.25674520X-RAY DIFFRACTION100
2.1233-2.20830.27462480.22474471X-RAY DIFFRACTION100
2.2083-2.30880.25422460.21324476X-RAY DIFFRACTION100
2.3088-2.43050.26252100.19684527X-RAY DIFFRACTION100
2.4305-2.58270.22872210.20214538X-RAY DIFFRACTION100
2.5827-2.78210.28022660.19844493X-RAY DIFFRACTION100
2.7821-3.0620.2562210.19154528X-RAY DIFFRACTION100
3.062-3.50480.20852370.17434501X-RAY DIFFRACTION100
3.5048-4.41480.20552560.16224512X-RAY DIFFRACTION100
4.4148-39.90780.20082260.18314518X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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