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万見
- PDB-3uze: Crystal structure of the dengue virus serotype 3 envelope protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uze
タイトルCrystal structure of the dengue virus serotype 3 envelope protein domain III in complex with the variable domains of Mab 4E11
要素
  • Envelope proteinエンベロープ (ウイルス)
  • Variable domains of murine anti-dengue Mab 4E11
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / dengue antibody neutralization
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus ...Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 抗体 / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Dengue virus 3 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Cockburn, J.J.B. / Navarro Sanchez, M.E. / Fretes, N. / Urvoas, A. / Staropoli, I. / Kikuti, C.M. / Coffey, L.L. / Arenzana Seisdedos, F. / Bedouelle, H. / Rey, F.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Mechanism of dengue virus broad cross-neutralization by a monoclonal antibody.
著者: Cockburn, J.J. / Navarro Sanchez, M.E. / Fretes, N. / Urvoas, A. / Staropoli, I. / Kikuti, C.M. / Coffey, L.L. / Arenzana Seisdedos, F. / Bedouelle, H. / Rey, F.A.
履歴
登録2011年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variable domains of murine anti-dengue Mab 4E11
B: Variable domains of murine anti-dengue Mab 4E11
C: Envelope protein
D: Envelope protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,67115
ポリマ－84,6624
非ポリマー1,00911
水4,990277
1
A: Variable domains of murine anti-dengue Mab 4E11
C: Envelope protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7948
ポリマ－42,3312
非ポリマー4626
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Variable domains of murine anti-dengue Mab 4E11
D: Envelope protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8787
ポリマ－42,3312
非ポリマー5475
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.055, 74.670, 86.888
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
抗体 / タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: 抗体 Variable domains of murine anti-dengue Mab 4E11


分子量: 27246.186 Da / 分子数: 2 / 断片: Single chain variable fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pLB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB2151
#2: タンパク質 Envelope protein / エンベロープ (ウイルス)


分子量: 15084.850 Da / 分子数: 2 / 断片: domain III (UNP residues 293-393) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 3 (デング熱ウイルス)
株: Thailand/PaH881/1988 / 遺伝子: E / プラスミド: pT351
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider 2 / 参照: UniProt: Q7TGD1, UniProt: P27915*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 288分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.66 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0721 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年6月23日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled Fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0721 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.037→42.857 Å / Num. all: 40602 / Num. obs: 40602 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.04-2.152.50.4441.71168747500.44476
2.15-2.283.50.36221978356770.36296.9
2.28-2.433.70.24932046655070.24998.8
2.43-2.633.60.1774.21822050740.17798.7
2.63-2.883.80.1216.11776847160.12198.9
2.88-3.223.60.0848.11526542200.08498.2
3.22-3.723.80.063101419137280.06398.5
3.72-4.553.70.05211.51169131660.05298
4.55-6.443.70.04812.2903724220.04897.2
6.44-42.8573.80.04312.7510813420.04395.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.9.3精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
BUSTER2.9.3精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UZG, 3UZQ

1uzg

3uzq


解像度: 2.04→40.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9185 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2338 1981 4.9 %RANDOM
Rwork0.2177 ---
all0.2185 40459 --
obs0.2185 40459 94.62 %-
原子変位パラメータBiso max: 127.94 Å2 / Biso mean: 37.2848 Å2 / Biso min: 13.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.8499 Å20 Å22.2582 Å2
2--2.1541 Å20 Å2
3---0.6959 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.304 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→40.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4816 0 65 277 5158
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1734SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes115HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes724HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5032HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion665SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5605SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5032HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6813HARMONIC20.96
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.57
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2504 98 4.41 %
Rwork0.2281 2126 -
all0.2291 2224 -
obs--94.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.36730.03640.42361.22860.24721.6562-0.02250.0648-0.04250.11550.01660.0254-0.00720.05120.0059-0.0328-0.0269-0.0162-0.0641-0.0129-0.023926.877-15.405115.5203
22.04330.34160.41392.54160.05181.313-0.01240.261-0.1263-0.09480.02340.14770.00250.0648-0.011-0.0871-0.0111-0.0161-0.0524-0.0373-0.027111.0177-23.74573.0979
31.20970.39060.40621.9761-0.18532.24260.0123-0.11830.14040.06530.01940.0425-0.05310.0893-0.03180.0279-0.0214-0.0175-0.0924-0.0434-0.078232.72771.833730.4485
41.1168-0.10510.28733.8790.88252.21020.0049-0.21980.11880.2263-0.02430.2341-0.0037-0.08830.0193-0.0153-0.02470.0377-0.0561-0.0821-0.108129.202310.041850.1665
52.5477-0.91640.21092.7087-0.73872.0667-0.06810.18850.2177-0.1059-0.0474-0.10680.0862-0.05070.1155-0.0692-0.0177-0.0207-0.09120.0137-0.023413.57521.4405-6.6341
62.2227-2.06420.26745.1542-3.52633.7792-0.1048-0.1979-0.02070.13530.0285-0.08390.2372-0.08530.07630.28230.0560.007-0.26720.0002-0.265837.6507-14.429254.8571
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|117 }A2 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|133 - A|245 }A133 - 245
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|2 - B|117 }B2 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|134 - B|243 }B134 - 243
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|299 - C|314 C|317 - C|361 C|365 - C|397 }C299 - 314
6X-RAY DIFFRACTION5{ C|299 - C|314 C|317 - C|361 C|365 - C|397 }C317 - 361
7X-RAY DIFFRACTION5{ C|299 - C|314 C|317 - C|361 C|365 - C|397 }C365 - 397
8X-RAY DIFFRACTION6{ D|300 - D|314 D|319 - D|341 D|350 - D|359 D|365 - D|382 D|386 - D|393}D300 - 314
9X-RAY DIFFRACTION6{ D|300 - D|314 D|319 - D|341 D|350 - D|359 D|365 - D|382 D|386 - D|393}D319 - 341
10X-RAY DIFFRACTION6{ D|300 - D|314 D|319 - D|341 D|350 - D|359 D|365 - D|382 D|386 - D|393}D350 - 359
11X-RAY DIFFRACTION6{ D|300 - D|314 D|319 - D|341 D|350 - D|359 D|365 - D|382 D|386 - D|393}D365 - 382
12X-RAY DIFFRACTION6{ D|300 - D|314 D|319 - D|341 D|350 - D|359 D|365 - D|382 D|386 - D|393}D386 - 393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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