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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t5v | ||||||
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タイトル | Sac3:Thp1:Sem1 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / PCI / mRNA nuclear export / mRNA (伝令RNA) / nuclear | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin filament-based process / cellular bud site selection / SAGA complex localization to transcription regulatory region / transcription export complex 2 / nuclear mRNA surveillance / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / mRNA 3'-end processing ...actin filament-based process / cellular bud site selection / SAGA complex localization to transcription regulatory region / transcription export complex 2 / nuclear mRNA surveillance / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / mRNA 3'-end processing / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / poly(A)+ mRNA export from nucleus / proteasome storage granule / transcription-coupled nucleotide-excision repair / proteasome assembly / mRNA export from nucleus / protein folding chaperone / protein export from nucleus / proteasome complex / transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / ribosomal small subunit biogenesis / mitotic cell cycle / 核膜 / ubiquitin-dependent protein catabolic process / double-stranded DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle / protein-containing complex binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Stewart, M. / Ellisdon, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012 タイトル: Structural basis for the assembly and nucleic acid binding of the TREX-2 transcription-export complex. 著者: Ellisdon, A.M. / Dimitrova, L. / Hurt, E. / Stewart, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3t5v.cif.gz | 616.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3t5v.ent.gz | 518.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3t5v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/3t5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/3t5v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36944.461 Da / 分子数: 2 / 断片: M region, UNP 250-563 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: LEP1, SAC3, YD8358.13, YDR159W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46674 #2: タンパク質 | 分子量: 52734.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: BUD29, O1140, THP1, YOL072W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08231 #3: タンパク質 | 分子量: 10397.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: DSH1, SEM1, YDR363W-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94742 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.79 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月13日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 84626 / Num. obs: 84626 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 28.693 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.991 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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