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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pjz | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Potassium Transporter TrkH from Vibrio parahaemolyticus | ||||||
要素 | Potassium uptake protein TrkH | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS / potassium transport / membrane (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 potassium:chloride symporter activity / potassium channel activity / potassium ion binding / potassium ion transmembrane transport / protein homodimerization activity / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.506 Å | ||||||
データ登録者 | Cao, Y. / Jin, X. / Huang, H. / Levin, E.J. / Zhou, M. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS) | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2011 タイトル: Crystal structure of a potassium ion transporter, TrkH. 著者: Cao, Y. / Jin, X. / Huang, H. / Derebe, M.G. / Levin, E.J. / Kabaleeswaran, V. / Pan, Y. / Punta, M. / Love, J. / Weng, J. / Quick, M. / Ye, S. / Kloss, B. / Bruni, R. / Martinez-Hackert, E. ...著者: Cao, Y. / Jin, X. / Huang, H. / Derebe, M.G. / Levin, E.J. / Kabaleeswaran, V. / Pan, Y. / Punta, M. / Love, J. / Weng, J. / Quick, M. / Ye, S. / Kloss, B. / Bruni, R. / Martinez-Hackert, E. / Hendrickson, W.A. / Rost, B. / Javitch, J.A. / Rajashankar, K.R. / Jiang, Y. / Zhou, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pjz.cif.gz | 185.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3pjz.ent.gz | 153.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pjz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/3pjz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pj/3pjz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.943618, -0.329577, -0.031037), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54112.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) 遺伝子: VP0032 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87TN7 #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.46 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.3 詳細: 35% PEG400, 200 mM calcium acetate, 100 mM sodium acetate, pH 5.3, microbatch, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 20487 / % possible obs: 89.5 % / Biso Wilson estimate: 63.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 1.079 / Net I/σ(I): 8.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.506→14.995 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7694 / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 13.801 Å2 / ksol: 0.229 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 195.3 Å2 / Biso mean: 60.4207 Å2 / Biso min: 13.04 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.506→14.995 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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