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- PDB-3obv: Autoinhibited Formin mDia1 Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3obv
タイトルAutoinhibited Formin mDia1 Structure
要素(Protein diaphanous homolog 1) x 2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / AUTOINHIBITION / ACTIN (アクチン) / NUCLEATION (核生成) / CYTOSKELETON (細胞骨格)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neuron projection regeneration / multicellular organismal locomotion / RHOF GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / ERBB2 Regulates Cell Motility / RHOC GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / actin nucleation / neuron projection retraction ...negative regulation of neuron projection regeneration / multicellular organismal locomotion / RHOF GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / ERBB2 Regulates Cell Motility / RHOC GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / actin nucleation / neuron projection retraction / RHO GTPases Activate Formins / protein localization to microtubule / profilin binding / cellular response to histamine / regulation of microtubule-based process / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / axon midline choice point recognition / regulation of cytoskeleton organization / 刷子縁 / synaptic vesicle endocytosis / ephrin receptor signaling pathway / cytoskeleton organization / actin filament polymerization / Neutrophil degranulation / マイクロフィラメント / sensory perception of sound / brain development / protein localization / 紡錘体 / small GTPase binding / ruffle membrane / neuron projection development / presynapse / 遺伝子発現 / actin binding / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / transmembrane transporter binding / neuron projection / positive regulation of cell migration / 中心体 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #630 / Formin, FH3 diaphanous domain / Formin, FH2 domain / Formin Homology Region 1 / Diaphanous, GTPase-binding domain superfamily / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #630 / Formin, FH3 diaphanous domain / Formin, FH2 domain / Formin Homology Region 1 / Diaphanous, GTPase-binding domain superfamily / Diaphanous autoregulatory (DAD) domain / Diaphanous autoregulatory domain (DAD) profile. / Formin, FH3 domain / Formin, GTPase-binding domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Diaphanous FH3 Domain / Diaphanous GTPase-binding Domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain / Rho GTPase-binding/formin homology 3 (GBD/FH3) domain profile. / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Recoverin; domain 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Armadillo-like helical / Αソレノイド / Armadillo-type fold / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
スクロース / Protein diaphanous homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / 多波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Rosen, M.K. / Otomo, T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the Formin mDia1 in autoinhibited conformation.
著者: Otomo, T. / Tomchick, D.R. / Otomo, C. / Machius, M. / Rosen, M.K.
履歴
登録2010年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_comp_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein diaphanous homolog 1
E: Protein diaphanous homolog 1
B: Protein diaphanous homolog 1
F: Protein diaphanous homolog 1
C: Protein diaphanous homolog 1
G: Protein diaphanous homolog 1
D: Protein diaphanous homolog 1
H: Protein diaphanous homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)365,90316
ポリマ－363,1648
非ポリマー2,7388
水0
1
A: Protein diaphanous homolog 1
E: Protein diaphanous homolog 1
B: Protein diaphanous homolog 1
F: Protein diaphanous homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,9518
ポリマ－181,5824
非ポリマー1,3694
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21330 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area76780 Å2
手法PISA
2
C: Protein diaphanous homolog 1
G: Protein diaphanous homolog 1
D: Protein diaphanous homolog 1
H: Protein diaphanous homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,9518
ポリマ－181,5824
非ポリマー1,3694
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22040 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area77630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.926, 208.519, 131.516
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETVALVALchain A and (resseq 138:161 or resseq 177:192 or resseq...AA138 - 1618 - 31
121GLUGLUGLUGLUchain A and (resseq 138:161 or resseq 177:192 or resseq...AA177 - 19247 - 62
131ASPASPLYSLYSchain A and (resseq 138:161 or resseq 177:192 or resseq...AA201 - 44471 - 314
211METMETVALVALchain C and (resseq 138:161 or resseq 177:192 or resseq...CE138 - 1618 - 31
221GLUGLUGLUGLUchain C and (resseq 138:161 or resseq 177:192 or resseq...CE177 - 19247 - 62
231ASPASPLYSLYSchain C and (resseq 138:161 or resseq 177:192 or resseq...CE201 - 44471 - 314
112METMETVALVALchain B and (resseq 138:161 or resseq 177:192 or resseq...BC138 - 1618 - 31
122GLUGLUGLUGLUchain B and (resseq 138:161 or resseq 177:192 or resseq...BC177 - 19247 - 62
132ASPASPLYSLYSchain B and (resseq 138:161 or resseq 177:192 or resseq...BC201 - 44471 - 314
212METMETVALVALchain D and (resseq 138:161 or resseq 177:192 or resseq...DG138 - 1618 - 31
222GLUGLUGLUGLUchain D and (resseq 138:161 or resseq 177:192 or resseq...DG177 - 19247 - 62
232ASPASPLYSLYSchain D and (resseq 138:161 or resseq 177:192 or resseq...DG201 - 44471 - 314

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.988766, -0.003049, 0.149444), (-0.00319, -0.999995, 0.000706), (0.149441, -0.001175, -0.98877)0.668729, 18.2229, -6.97453
2given(0.988654, 0.001787, 0.150199), (0.001369, -0.999995, 0.00289), (0.150204, -0.002652, -0.988652)0.505, 17.906401, -6.95406
詳細The biomolecule is a dimer. There are two biomolecule in the asymmetric unit. Biomolecule one which contains chain A, E, B, and F, biomolecule two contains chain C, G, D and H

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要素

#1: タンパク質
Protein diaphanous homolog 1 / Diaphanous-related formin-1 / DRF1 / p140mDIA / mDIA1


分子量: 37721.316 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal fragment, UNP residues 131-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Diaph1, Diap1 / プラスミド: pET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O08808
#2: タンパク質
Protein diaphanous homolog 1 / Diaphanous-related formin-1 / DRF1 / p140mDIA / mDIA1


分子量: 53069.777 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal fragment, UNP residues 753-1209 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Diaph1, Diap1 / プラスミド: pET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O08808
#3: 多糖
beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose / スクロース


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: スクロース
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-Psif]{[(2+1)][a-D-Altp]{}}LINUCSPDB-CARE
構成要素の詳細AUTHOR STATE THAT THE LOOP REGION OF PROTEIN DIAPHANOUS HOMOLOG 1 WAS REMOVED FOR CRYSTALLIZATION. ...AUTHOR STATE THAT THE LOOP REGION OF PROTEIN DIAPHANOUS HOMOLOG 1 WAS REMOVED FOR CRYSTALLIZATION. THERE ARE FOUR COPIES OF PROTEIN DIAPHANOUS HOMOLOG 1 IN THE ASYMMETRIC UNTI MADE OF N-TERMINAL(CHAIN A,B,C,D) AND C-TERMINAL(E,F,G,H) OF THE PROTEIN RESPECTIVELY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.44 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.75
詳細: 10% PEG 1500, 25% sucrose, 0.1 M MES pH 6.75, 0.15 M NaCl, 1 mM DTT, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月13日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 123292 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.75→2.81 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / % possible all: 60.5

-
位相決定

位相決定
手法
多波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.75→29.95 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 1799 1.47 %
Rwork0.199 --
obs0.2 122258 95.8 %
all-122258 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.74 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 102.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.536 Å20 Å2-8.3433 Å2
2--8.0751 Å20 Å2
3----13.6111 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a free: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→29.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24040 0 184 0 24224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00924585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3533045
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3419940
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1923716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044293
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A5633X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
12C5633X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
21B5626X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.068
22D5626X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.068
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.84820.42611240.35248435X-RAY DIFFRACTION67
2.8482-2.96220.37711730.302611509X-RAY DIFFRACTION92
2.9622-3.09680.39611790.273612465X-RAY DIFFRACTION100
3.0968-3.25990.30891910.265412586X-RAY DIFFRACTION100
3.2599-3.46390.27851880.229612548X-RAY DIFFRACTION100
3.4639-3.73090.25832010.211612521X-RAY DIFFRACTION100
3.7309-4.10550.24342050.180112564X-RAY DIFFRACTION100
4.1055-4.69760.24352010.158512559X-RAY DIFFRACTION100
4.6976-5.9110.26661790.189112589X-RAY DIFFRACTION100
5.911-29.94760.21181580.176112683X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4573-0.1051-0.450.9241-0.14540.4505-0.1035-0.1913-0.25320.67060.00970.7434-0.16820.03830.00020.81990.15930.45170.69110.12730.760617.36424.518235.6115
20.2329-0.5855-0.89831.70491.36542.01790.08730.0036-0.10130.21320.00080.03350.1473-0.0109-0.00010.31320.0830.06220.29880.09820.446340.9282-6.4329.8969
30.1192-0.23280.25460.263-0.30340.36850.1907-0.7586-0.24191.13650.0397-0.6864-0.2750.3306-0.00010.66780.1216-0.21650.5989-0.22960.473275.9906-62.966115.37
40.4933-0.20620.34790.69330.61010.5434-0.1010.0052-0.19940.37120.0403-0.08720.0893-0.34860.00010.82690.1890.18221.17130.04290.621820.6773-72.882930.993
50.859-0.53170.5490.29380.30471.438-0.13010.09190.1803-0.27890.23060.19290.1721-0.8299-0.00150.39050.0618-0.12370.78910.0610.476113.5049-58.456-10.2904
60.16630.1899-0.70640.12350.27280.2499-0.23850.1709-0.2937-0.37380.18-0.30250.1354-0.2062-0.00030.70140.0098-0.06650.54790.11490.4342.0772-31.6057-35.8582
70.03350.05660.03530.04550.06030.03450.31570.22470.5830.4564-0.1841-0.89780.01210.31040.00130.95590.02220.15750.5786-0.02890.52266.8527-1.9239-55.2481
80.16510.19970.09830.14710.13790.0794-0.51540.5882-0.3041-1.12520.2408-0.9489-0.77540.0946-0.00340.7715-0.11480.56441.2358-0.04320.845190.508-2.881-57.461
90.81281.0504-0.93811.4211-0.78431.64460.05410.2082-0.1967-0.12590.1467-0.1807-0.0510.1395-00.29030.11680.13240.4768-0.06560.393864.4752-8.3693-30.2973
100.14970.20840.134-0.02890.11920.0681-0.03810.1491-0.1475-0.99980.04160.2847-0.1169-0.0722-0.00010.94440.0762-0.25181.22040.01380.619915.5478-53.5174-38.3801
110.2984-0.57850.48250.5611-0.51440.25310.44350.5574-0.3543-0.6518-0.61750.0117-0.31-0.2145-0.00081.02090.2263-0.02481.4803-0.32550.800866.0866-77.7873-53.6573
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290.00150.0021-0.00030.00180.0013-0.0005-0.0647-0.02350.0315-0.0271-0.05290.03750.1094-0.10190.00042.0555-0.2216-0.45342.3211-0.28721.23373.85-14.9538-25.5541
300.0014-0.0021-0.00010.00110.0012-0.0007-0.03210.0038-0.0148-0.033-0.0974-0.0148-0.15750.00590.00041.7966-0.03950.53232.2848-0.56411.76469.568133.17729.6847
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330.00170.00070.0010.0020.00210.0010.0046-0.02340.031-0.00270.00170.006-0.05050.00140.00012.64070.47230.22982.51330.81141.662843.1712-9.7798-20.5871
340.0012-0.001-0.00030.00120.00060.001-0.0195-0.00160.03380.02140.038-0.04340.00970.0218-0.00043.0803-0.0534-0.48881.82180.74051.701740.384628.183220.1186
350.00140.000100.00020.00050.0005-0.01110.04870.0214-0.0164-0.0529-0.02060.00430.0296-02.04880.23180.33552.3148-0.13132.713861.705932.41481.9585
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 131:196)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 197:452)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN E AND RESID 754:805)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN E AND RESID 829:937)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN E AND RESID 938:1118)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN E AND RESID 1119:1173)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN E AND RESID 1174:1195)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 132:192)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 200:457)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN F AND RESID 754:805)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN F AND RESID 830:939)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN F AND RESID 940:1118)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN F AND RESID 1119:1170)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN F AND RESID 1171:1196)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN C AND RESID 131:196)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN C AND RESID 197:452)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN G AND RESID 754:805)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN G AND RESID 829:937)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN G AND RESID 938:1118)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN G AND RESID 1119:1173)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN G AND RESID 1174:1196)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN D AND RESID 131:196)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN D AND RESID 197:457)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN H AND RESID 753:804)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN H AND RESID 830:937)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN H AND RESID 938:1118)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN H AND RESID 1119:1173)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN A AND RESID 2001:2001)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN B AND RESID 2002:2002)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN D AND RESID 2003:2003)
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN C AND RESID 2004:2004)
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN A AND RESID 2005:2005)
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN B AND RESID 2006:2006)
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN D AND RESID 2007:2007)
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN C AND RESID 2008:2008)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る