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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mzv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a decaprenyl diphosphate synthase from Rhodobacter capsulatus | ||||||
要素 | Decaprenyl diphosphate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodobacter capsulatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Quartararo, C.E. / Patskovsky, Y. / Bonanno, J.B. / Rutter, M. / Bain, K.T. / Chang, S. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Prediction of function for the polyprenyl transferase subgroup in the isoprenoid synthase superfamily. 著者: Wallrapp, F.H. / Pan, J.J. / Ramamoorthy, G. / Almonacid, D.E. / Hillerich, B.S. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Jacobson, M.P. / Poulter, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mzv.cif.gz | 252.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mzv.ent.gz | 206.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mzv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/3mzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/3mzv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3lomC 3lvsC 3nf2C 3oyrC 3p41C 3p8lC 3p8rC 3pdeC 3pkoC 3q1oC 3q2qC 3qqvC 3rmgC 3ts7C 3ucaC 4dhdC 4f62C 4fp4C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37480.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter capsulatus (バクテリア) プラスミド: modified pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07D00 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / pH: 6.5 詳細: 100mM MES pH 6.5, 30% PEG MME 5K, 200mM ammonium sulfate, vapor diffusion, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97958 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月26日 |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97958 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 56604 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.479 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.48 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.95 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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