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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mg0 | ||||||
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タイトル | Structure of yeast 20S proteasome with bortezomib | ||||||
要素 | (Proteasome component ...プロテアソーム) x 14 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / 20S proteasome (プロテアソーム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å | ||||||
データ登録者 | Sintchak, M.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2010 タイトル: Characterization of a new series of non-covalent proteasome inhibitors with exquisite potency and selectivity for the 20S beta5-subunit. 著者: Blackburn, C. / Gigstad, K.M. / Hales, P. / Garcia, K. / Jones, M. / Bruzzese, F.J. / Barrett, C. / Liu, J.X. / Soucy, T.A. / Sappal, D.S. / Bump, N. / Olhava, E.J. / Fleming, P. / Dick, L.R. ...著者: Blackburn, C. / Gigstad, K.M. / Hales, P. / Garcia, K. / Jones, M. / Bruzzese, F.J. / Barrett, C. / Liu, J.X. / Soucy, T.A. / Sappal, D.S. / Bump, N. / Olhava, E.J. / Fleming, P. / Dick, L.R. / Tsu, C. / Sintchak, M.D. / Blank, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3mg0.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3mg0.ent.gz | 1004 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3mg0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/3mg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mg/3mg0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM1N2
#1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #3: タンパク質 | 分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #4: タンパク質 | 分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #5: タンパク質 | 分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex #6: タンパク質 | 分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex #7: タンパク質 | 分子量: 27316.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex #8: タンパク質 | 分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #12: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #13: タンパク質 | 分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex |
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-非ポリマー , 2種, 1043分子
#15: 化合物 | ChemComp-BO2 / #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM MES, 40 mM MgOAc, 15% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 10 mM EDTA, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97947 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97947 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.68→150.76 Å / Num. obs: 276539 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.055 / Net I/σ(I): 9.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDb ENTRY 2F16 解像度: 2.68→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 11.371 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.535 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 122.57 Å2 / Biso mean: 44.572 Å2 / Biso min: 9.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.68→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.68→2.753 Å / Total num. of bins used: 20
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