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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3m9u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of geranylgeranyl pyrophosphate synthase from lactobacillus brevis atcc 367 | ||||||
要素 | Farnesyl-diphosphate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ISOPRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / Isoprene biosynthesis / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / farnesyl diphosphate biosynthetic process / geranyltranstransferase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lactobacillus brevis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | Patskovsky, Y. / Toro, R. / Rutter, M. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York Structural GenomiX Research Consortium (NYSGXRC) / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Geranylgeranyl Pyrophosphate Synthase from Lactobacillus Brevis Atcc 367 著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Rutter, M. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3m9u.cif.gz | 242.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3m9u.ent.gz | 196.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3m9u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/3m9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m9/3m9u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33341.824 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア) 株: ATCC 367 / JCM 1170 / 遺伝子: LVIS_0975 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q03RR4, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.5, 25% PEG3350, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月3日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→40 Å / Num. obs: 113051 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 1.3 % / Biso Wilson estimate: 22.701 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 3.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 93.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.431 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.661 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.769→1.815 Å / Total num. of bins used: 20
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