+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lu0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Molecular model of Escherichia coli core RNA polymerase | ||||||
要素 | (DNA-directed RNA polymerase subunit ...ポリメラーゼ) x 4 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / E. coli RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase (ポリメラーゼ) / Nucleotidyltransferase / Transcription (転写 (生物学)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / 運動性 / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.2 Å | ||||||
データ登録者 | Darst, S.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2010 タイトル: Complete structural model of Escherichia coli RNA polymerase from a hybrid approach. 著者: Natacha Opalka / Jesse Brown / William J Lane / Kelly-Anne F Twist / Robert Landick / Francisco J Asturias / Seth A Darst / 要旨: The Escherichia coli transcription system is the best characterized from a biochemical and genetic point of view and has served as a model system. Nevertheless, a molecular understanding of the ...The Escherichia coli transcription system is the best characterized from a biochemical and genetic point of view and has served as a model system. Nevertheless, a molecular understanding of the details of E. coli transcription and its regulation, and therefore its full exploitation as a model system, has been hampered by the absence of high-resolution structural information on E. coli RNA polymerase (RNAP). We use a combination of approaches, including high-resolution X-ray crystallography, ab initio structural prediction, homology modeling, and single-particle cryo-electron microscopy, to generate complete atomic models of E. coli core RNAP and an E. coli RNAP ternary elongation complex. The detailed and comprehensive structural descriptions can be used to help interpret previous biochemical and genetic data in a new light and provide a structural framework for designing experiments to understand the function of the E. coli lineage-specific insertions and their role in the E. coli transcription program. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lu0.cif.gz | 565.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3lu0.ent.gz | 436.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lu0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/3lu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/3lu0 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3295, JW3257, pez, phs, rpoA, sez / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, ポリメラーゼ #2: タンパク質 | | 分子量: 150804.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 遺伝子: b3987, groN, JW3950, nitB, rif, ron, rpoB, rpoC, stl, stv, tabD 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V2, ポリメラーゼ #3: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3988, JW3951, rpoC, rpoD, tabB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T7, ポリメラーゼ #4: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3649, JW3624, rpoZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, ポリメラーゼ |
---|
-非ポリマー , 2種, 3分子
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
---|---|
#6: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: E. coli RNA polymerase / タイプ: COMPLEX |
---|---|
緩衝液 | 名称: Tris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン pH: 8 / 詳細: Tris-HCl |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 50000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 資料ホルダタイプ: single-tilt / 温度: 80 K |
撮影 | 電子線照射量: 10 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
画像スキャン | デジタル画像の数: 48 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 11.2 Å / 粒子像の数: 42000 / ピクセルサイズ(公称値): 2.8 Å / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--local refinement, flexible fitting | |||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
|