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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lgk | ||||||
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タイトル | D99N Epi-isozizaene synthase | ||||||
要素 | Epi-isozizaene synthase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / terpenoid cyclase / alpha-helical fold / farnesyl diphosphate (ファルネシル二リン酸) / metal-binding / Magnesium (マグネシウム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 epi-isozizaene synthase / epi-isozizaene synthase activity / terpene synthase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces coelicolor (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.892 Å | ||||||
データ登録者 | Aaron, J.A. / Lin, X. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: Structure of Epi-Isozizaene Synthase from Streptomyces coelicolor A3(2), a Platform for New Terpenoid Cyclization Templates 著者: Aaron, J.A. / Lin, X. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lgk.cif.gz | 87.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lgk.ent.gz | 63.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lgk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lgk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43715.027 Da / 分子数: 1 / 変異: D99N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 遺伝子: cyc1, SCO5222, SC7E4.19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9K499, epi-isozizaene synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.21 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 25% PEG 3350, 100 mM Bis-Tris pH 6.0, 0.2 M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 29416 / Num. obs: 28694 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.2768 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Rsym value: 0.634 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB 3KB9 解像度: 1.892→29.034 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.789 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.892→29.034 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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