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- PDB-3kbk: Epi-isozizaene synthase complexed with Hg -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kbk
タイトルEpi-isozizaene synthase complexed with Hg
要素Epi-isozizaene synthase
キーワードLYASE (リアーゼ) / terpenoid cyclase / Mg / metal-dependant / farnesyl diphosphate (ファルネシル二リン酸) / Hg / Magnesium (マグネシウム) / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


epi-isozizaene synthase / epi-isozizaene synthase activity / terpene synthase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Epi-isozizaene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Aaron, J.A. / Lin, X. / Cane, D.E. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structure of Epi-Isozizaene Synthase from Streptomyces coelicolor A3(2), a Platform for New Terpenoid Cyclization Templates
著者: Aaron, J.A. / Lin, X. / Cane, D.E. / Christianson, D.W.
履歴
登録2009年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epi-isozizaene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,74410
ポリマ－43,7161
非ポリマー1,0289
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.693, 46.549, 75.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Epi-isozizaene synthase / / EIZS / Sesquiterpene synthase / Sesquiterpene cyclase


分子量: 43716.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
遺伝子: cyc1, SCO5222, SC7E4.19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K499, epi-isozizaene synthase

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非ポリマー , 5種, 344分子

#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION / 水銀


分子量: 200.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0548 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0548 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 55022 / Num. obs: 53144 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 5482 / Rsym value: 0.325

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→37.744 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2023 2626 4.94 %RANDOM
Rwork0.1694 ---
obs0.171 53144 95.7 %-
all-55022 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.935 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2512 0 15 335 2862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052595
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8323534
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.848919
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004459
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8997-1.93420.29311650.22772572X-RAY DIFFRACTION91
1.9342-1.97140.22081320.20072431X-RAY DIFFRACTION90
1.9714-2.01170.22251500.17882533X-RAY DIFFRACTION92
2.0117-2.05540.19541150.17342631X-RAY DIFFRACTION92
2.0554-2.10320.2321390.18242591X-RAY DIFFRACTION94
2.1032-2.15580.21071390.16182647X-RAY DIFFRACTION95
2.1558-2.21410.15361130.1672564X-RAY DIFFRACTION93
2.2141-2.27920.2261230.16942632X-RAY DIFFRACTION95
2.2792-2.35280.19161460.15992687X-RAY DIFFRACTION95
2.3528-2.43690.16371410.14282684X-RAY DIFFRACTION97
2.4369-2.53440.17571100.15082717X-RAY DIFFRACTION97
2.5344-2.64970.14791410.1582703X-RAY DIFFRACTION98
2.6497-2.78940.16781290.16522739X-RAY DIFFRACTION98
2.7894-2.96410.21281310.16252742X-RAY DIFFRACTION99
2.9641-3.19280.20251330.17142702X-RAY DIFFRACTION97
3.1928-3.51390.20641580.16672737X-RAY DIFFRACTION99
3.5139-4.02190.19031740.1542709X-RAY DIFFRACTION98
4.0219-5.06530.18591630.15142732X-RAY DIFFRACTION99
5.0653-37.75140.20831240.18822765X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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