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- PDB-3j9o: CryoEM structure of a type VI secretion system -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j9o
タイトルCryoEM structure of a type VI secretion system
要素
  • Intracellular growth locus protein A
  • Intracellular growth locus protein B
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / T6SS
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type VI secretion system TssC-like / TssC1, N-terminal / TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2
類似検索 - ドメイン・相同性
Intracellular growth locus protein B / Intracellular growth locus protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Clemens, D.L. / Ge, P. / Lee, B.-Y. / Horwitz, M.A. / Zhou, Z.H.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Atomic structure of T6SS reveals interlaced array essential to function.
著者: Daniel L Clemens / Peng Ge / Bai-Yu Lee / Marcus A Horwitz / Z Hong Zhou /
要旨: Type VI secretion systems (T6SSs) are newly identified contractile nanomachines that translocate effector proteins across bacterial membranes. The Francisella pathogenicity island, required for ...Type VI secretion systems (T6SSs) are newly identified contractile nanomachines that translocate effector proteins across bacterial membranes. The Francisella pathogenicity island, required for bacterial phagosome escape, intracellular replication, and virulence, was presumed to encode a T6SS-like apparatus. Here, we experimentally confirm the identity of this T6SS and, by cryo electron microscopy (cryoEM), show the structure of its post-contraction sheath at 3.7 Å resolution. We demonstrate the assembly of this T6SS by IglA/IglB and secretion of its putative effector proteins in response to environmental stimuli. The sheath has a quaternary structure with handedness opposite that of contracted sheath of T4 phage tail and is organized in an interlaced two-dimensional array by means of β sheet augmentation. By structure-based mutagenesis, we show that this interlacing is essential to secretion, phagosomal escape, and intracellular replication. Our atomic model of the T6SS will facilitate design of drugs targeting this highly prevalent secretion apparatus.
履歴
登録2015年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_single_particle_entity / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-6266
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6266
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6266
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intracellular growth locus protein A
B: Intracellular growth locus protein B
C: Intracellular growth locus protein A
D: Intracellular growth locus protein B
E: Intracellular growth locus protein A
F: Intracellular growth locus protein B
G: Intracellular growth locus protein A
H: Intracellular growth locus protein B
I: Intracellular growth locus protein A
J: Intracellular growth locus protein B
K: Intracellular growth locus protein A
L: Intracellular growth locus protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)473,68312
ポリマ－473,68312
非ポリマー00
水0
1
A: Intracellular growth locus protein A
B: Intracellular growth locus protein B
C: Intracellular growth locus protein A
D: Intracellular growth locus protein B
E: Intracellular growth locus protein A
F: Intracellular growth locus protein B
G: Intracellular growth locus protein A
H: Intracellular growth locus protein B
I: Intracellular growth locus protein A
J: Intracellular growth locus protein B
K: Intracellular growth locus protein A
L: Intracellular growth locus protein B
x 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,736,831120
ポリマ－4,736,831120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation9
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 10 / Rise per n subunits: 20.8 Å / Rotation per n subunits: -33.4 °)

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要素

#1: タンパク質
Intracellular growth locus protein A / IglA


分子量: 21004.932 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)
参照: UniProt: A0Q7I5
#2: タンパク質
Intracellular growth locus protein B / IglB


分子量: 57942.254 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Francisella tularensis subsp. novicida U112 (バクテリア)
参照: UniProt: A0Q7I4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID
1Contracted T6SS sheathCOMPLEXHelix by IglA/IglB dimers0
2IglA1
3IglB1
緩衝液名称: TBS / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, 0.9% NaCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 200 mesh Quantifoil 1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 湿度: 100 % / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年3月1日 / 詳細: K2 Summit in Counting mode
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 29000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / 非点収差: Software / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度: 80 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1644
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1IHRSR３次元再構成
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: each particle
らせん対称回転角度/サブユニット: 33.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 20.8 Å / らせん対称軸の対称性: C6
詳細: One asymmetric unit contains a heterodimer of IglA/IglB
3次元再構成手法: RelionList of Walmart brands / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ピクセルサイズ（公称値）: 1 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1 Å / 詳細: (Helical Details: Relion-based IHRSR) / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27264 0 0 0 27264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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