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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gla | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the hspA from Xanthomonas axonopodis | ||||||
要素 | Low molecular weight heat shock protein | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / hspA / shp / shsp / Xanthomonas axonopodis / high resolution (解像度) / Stress response (闘争・逃走反応) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å | ||||||
データ登録者 | Hilario, E. / Medrano, F.J. / Bertolini, M.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of XAC1151, a small heat-shock protein from Xanthomonas axonopodis pv. citri belonging to the alpha-crystallin family 著者: Hilario, E. / Teixeira, E.C. / Pedroso, G.A. / Bertolini, M.C. / Medrano, F.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gla.cif.gz | 60.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gla.ent.gz | 44 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gla.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/3gla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/3gla | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1gmeS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11310.709 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 40-139 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア) 遺伝子: hspA / プラスミド: pET28a-hspA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8PNC2 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.1 M Tris HCl, 1.2 M (NH4)2HPO4, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.43 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.43 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→26.973 Å / Num. obs: 41715 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.051 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.71 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.476 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 56.12 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GME 解像度: 1.64→26.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / WRfactor Rwork: 0.187 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.898 / SU B: 1.219 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.071 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.29 Å2 / Biso mean: 25.833 Å2 / Biso min: 9.37 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→26.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.64→1.684 Å / Total num. of bins used: 20 /
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