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万見
- PDB-3fp0: Structural and Functional Characterization of TRI3 Trichothecene ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fp0
タイトルStructural and Functional Characterization of TRI3 Trichothecene 15-O-acetyltransferase from Fusarium sporotrichioides
要素15-O-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Fusarium Head Blight / Trichothecene mycotoxin / Deoxynivalenol (デオキシニバレノール) / T-2 toxin / Fusarium graminearum / Fusarium sporotrichioides / acetyltransferase / coenzyme A (補酵素A) / BAHD superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


mycotoxin biosynthetic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Acyltransferase Tri3/Sat12/Sat16/Mac1 / 15-O-acetyltransferase Tri3 / Nonribosomal peptide synthetase, condensation domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
surcrose isoform / Chem-FP0 / Trichothecene 15-O-acetyltransferase TRI3
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium sporotrichioides (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Garvey, G.S. / Rayment, I. / McCormick, S.P. / Alexander, N.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Structural and functional characterization of TRI3 trichothecene 15-O-acetyltransferase from Fusarium sporotrichioides
著者: Garvey, G.S. / McCormick, S.P. / Alexander, N.J. / Rayment, I.
履歴
登録2009年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 15-O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1344
ポリマ－58,2451
非ポリマー8893
水6,828379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.282, 81.987, 95.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 15-O-acetyltransferase


分子量: 58244.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium sporotrichioides (菌類) / 遺伝子: TRI3 / プラスミド: pKLD37 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: Q9C1B7
#2: 多糖 alpha-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / surcrose isoform


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 基質類似体 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: surcrose isoform
記述子タイププログラム
DFrufa2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2a_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-FP0 / (3alpha)-15-hydroxy-12,13-epoxytrichothec-9-en-3-yl acetate / 15-decalonectrin / 15-デアセチルカロネクトリン


分子量: 308.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H24O5
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THESE RESIDUES WERE OBSERVED IN THE SPECIFIC STRAIN OF FUSARIUM ...THE AUTHORS STATE THAT THESE RESIDUES WERE OBSERVED IN THE SPECIFIC STRAIN OF FUSARIUM SPOROTRICHIOIDES GROWN AND PURIFIED FROM THE DNA FROM IN THEIR LAB. SEQUENCES VARY BETWEEN INDIVIDUAL ISOLATES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M Ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5416
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5416 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→62.2 Å / Num. all: 40792 / Num. obs: 40098 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.96 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rsym value: 0.092
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.35 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 5384 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FOT

3fot


解像度: 1.9→62.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 3.542 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23538 1984 5 %RANDOM
Rwork0.18045 ---
obs0.18319 37463 97.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.602 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→62.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3986 0 52 379 4417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224132
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6541.9755638
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4945521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.51224.286175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27115684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.871523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.22103
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.22879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8691.52679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31724159
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22131695
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0524.51469
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 118 -
Rwork0.241 2246 -
obs-2246 80.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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