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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3evg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Dengue-2 virus methyltransferase complexed with S-adenosyl-L-homocysteine | ||||||
要素 | RNA-directed RNA polymerase NS5 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Dengue virus / Flavivirus / NS5 Methyltransferase / RNA cap binding (5'キャップ) / ATP-binding / Capsid protein (カプシド) / Cleavage on pair of basic residues / Endoplasmic reticulum (小胞体) / Envelope protein (エンベロープ (ウイルス)) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Helicase (ヘリカーゼ) / Hydrolase (加水分解酵素) / Membrane (生体膜) / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Protease (プロテアーゼ) / Ribonucleoprotein (核タンパク質) / RNA replication (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / RNA-binding / RNA-directed RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / Secreted (分泌) / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Viral nucleoprotein / Virion (ウイルス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Dengue virus 2 16681-PDK53 (デング熱ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Thompson, A.A. / Geiss, B.J. / Peersen, O.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Analysis of flavivirus NS5 methyltransferase cap binding. 著者: Geiss, B.J. / Thompson, A.A. / Andrews, A.J. / Sons, R.L. / Gari, H.H. / Keenan, S.M. / Peersen, O.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3evg.cif.gz | 66.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3evg.ent.gz | 48.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3evg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/3evg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/3evg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30836.152 Da / 分子数: 1 断片: N-terminal domain 1-267 of RNA-directed RNA polymerase NS5: UNP residues 2493-2757 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Dengue virus 2 16681-PDK53 (デング熱ウイルス) 株: 16681 / プラスミド: pKKT7E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS 参照: UniProt: P29991, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, RNA依存性RNAポリメラーゼ | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-SAH / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.65 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→28 Å / Num. obs: 39142 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.69 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.35 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.439 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1L9K 解像度: 2.2→27 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The Friedel pairs were used in phasing and refinement
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原子変位パラメータ | Biso mean: 45.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→27 Å
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拘束条件 |
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