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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3evb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of yellow fever virus methyltransferase complexed with S-adenosyl-L-homocysteine | ||||||
要素 | RNA-directed RNA polymerase NS5 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / yellow fever virus (黄熱) / NS5 methyltransferase / RNA cap binding (5'キャップ) / ATP-binding / Capsid protein (カプシド) / Cleavage on pair of basic residues / Endoplasmic reticulum (小胞体) / Envelope protein (エンベロープ (ウイルス)) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Helicase (ヘリカーゼ) / Hydrolase (加水分解酵素) / Membrane (生体膜) / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Protease (プロテアーゼ) / Ribonucleoprotein (核タンパク質) / RNA replication (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / RNA-binding / RNA-directed RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / Secreted (分泌) / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Viral nucleoprotein / Virion (ウイルス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / カプシド / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / カプシド / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Yellow fever virus (黄熱ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Thompson, A.A. / Geiss, B.J. / Peersen, O.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Analysis of flavivirus NS5 methyltransferase cap binding. 著者: Geiss, B.J. / Thompson, A.A. / Andrews, A.J. / Sons, R.L. / Gari, H.H. / Keenan, S.M. / Peersen, O.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3evb.cif.gz | 71.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3evb.ent.gz | 52.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3evb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/3evb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/3evb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31290.809 Da / 分子数: 1 断片: N-terminal domain 1-268 of RNA-directed RNA polymerase NS5: UNP residues 2507-2772 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Yellow fever virus (黄熱ウイルス) 株: 17D / プラスミド: pKKT7E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS 参照: UniProt: P03314, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, RNA依存性RNAポリメラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% v/v MPD, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2 mM DTT, 0.02% w/v Sodium azide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.127 Å |
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.127 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→45.5 Å / Num. obs: 51678 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.17 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 6.04 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.456 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1L9K 解像度: 1.85→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The Friedel pairs were used in phasing and refinement
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
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拘束条件 |
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