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- PDB-3aq0: Ligand-bound form of Arabidopsis medium/long-chain length prenyl ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aq0
タイトルLigand-bound form of Arabidopsis medium/long-chain length prenyl pyrophosphate synthase (surface polar residue mutant)
要素Geranyl diphosphate synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / prenyltransferase (プレニル基転移酵素) / All alpha-helices fold / chroloplast / isoprenoid biosynthetic process
機能・相同性
機能・相同性情報


all-trans-nonaprenyl diphosphate synthase [geranylgeranyl-diphosphate specific] / all-trans-nonaprenyl-diphosphate synthase (geranylgeranyl-diphosphate specific) activity / ubiquinone biosynthetic process / embryo development ending in seed dormancy / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / 色素体 / 葉緑体 / ミトコンドリア / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ファルネシル二リン酸 / Chem-ISY / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ピロリン酸塩 / Solanesyl diphosphate synthase 3, chloroplastic/mitochondrial / Solanesyl diphosphate synthase 3, chloroplastic/mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Hsieh, F.-L. / Chang, T.-H. / Ko, T.-P. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2011
タイトル: Structure and mechanism of an Arabidopsis medium/long-chain-length prenyl pyrophosphate synthase
著者: Hsieh, F.-L. / Chang, T.-H. / Ko, T.-P. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2010年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Geranyl diphosphate synthase
B: Geranyl diphosphate synthase
C: Geranyl diphosphate synthase
D: Geranyl diphosphate synthase
E: Geranyl diphosphate synthase
F: Geranyl diphosphate synthase
G: Geranyl diphosphate synthase
H: Geranyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,04732
ポリマ－302,7558
非ポリマー4,29324
水12,520695
1
A: Geranyl diphosphate synthase
B: Geranyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0489
ポリマ－75,6892
非ポリマー1,3607
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area30260 Å2
手法PISA
2
C: Geranyl diphosphate synthase
D: Geranyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5828
ポリマ－75,6892
非ポリマー8936
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area30420 Å2
手法PISA
3
E: Geranyl diphosphate synthase
F: Geranyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4767
ポリマ－75,6892
非ポリマー7875
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area29990 Å2
手法PISA
4
G: Geranyl diphosphate synthase
H: Geranyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9428
ポリマ－75,6892
非ポリマー1,2536
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area30000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.961, 115.961, 385.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21H
12E
22C
13B
23G
14D
24F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROLYSLYS4AA10 - 3510 - 35
211PROPROLYSLYS4HH10 - 3510 - 35
121LEULEULEULEU3AA36 - 6536 - 65
221LEULEULEULEU3HH36 - 6536 - 65
131VALVALHISHIS2AA87 - 10687 - 106
231VALVALHISHIS2HH87 - 10687 - 106
141ASPASPGLYGLY4AA107 - 120107 - 120
241ASPASPGLYGLY4HH107 - 120107 - 120
151SERSERTHRTHR2AA121 - 170121 - 170
251SERSERTHRTHR2HH121 - 170121 - 170
161METMETTYRTYR4AA171 - 181171 - 181
261METMETTYRTYR4HH171 - 181171 - 181
171SERSERVALVAL2AA182 - 207182 - 207
271SERSERVALVAL2HH182 - 207182 - 207
181LEULEULEULEU4AA208 - 218208 - 218
281LEULEULEULEU4HH208 - 218208 - 218
191ALAALAPHEPHE2AA219 - 239219 - 239
291ALAALAPHEPHE2HH219 - 239219 - 239
1101THRTHRGLYGLY4AA240 - 257240 - 257
2101THRTHRGLYGLY4HH240 - 257240 - 257
1111VALVALPROPRO3AA258 - 271258 - 271
2111VALVALPROPRO3HH258 - 271258 - 271
1121GLNGLNARGARG4AA272 - 331272 - 331
2121GLNGLNARGARG4HH272 - 331272 - 331
1131SERSERTHRTHR3AA332 - 345332 - 345
2131SERSERTHRTHR3HH332 - 345332 - 345
112PHEPHELEULEU4EE11 - 6511 - 65
212PHEPHELEULEU4CC11 - 6511 - 65
122ARGARGHISHIS2EE86 - 10086 - 100
222ARGARGHISHIS2CC86 - 10086 - 100
132VALVALHISHIS2EE101 - 106101 - 106
232VALVALHISHIS2CC101 - 106101 - 106
142ASPASPLYSLYS4EE107 - 129107 - 129
242ASPASPLYSLYS4CC107 - 129107 - 129
152METMETMETMET2EE130 - 171130 - 171
252METMETMETMET2CC130 - 171130 - 171
162GLUGLUSERSER4EE172 - 182172 - 182
262GLUGLUSERSER4CC172 - 182172 - 182
172METMETTHRTHR2EE183 - 209183 - 209
272METMETTHRTHR2CC183 - 209183 - 209
182GLYGLYALAALA4EE210 - 219210 - 219
282GLYGLYALAALA4CC210 - 219210 - 219
192PHEPHELEULEU2EE220 - 237220 - 237
292PHEPHELEULEU2CC220 - 237220 - 237
1102ASPASPVALVAL4EE238 - 258238 - 258
2102ASPASPVALVAL4CC238 - 258238 - 258
1112ILEILEPHEPHE3EE259 - 265259 - 265
2112ILEILEPHEPHE3CC259 - 265259 - 265
1122ALAALAILEILE4EE266 - 300266 - 300
2122ALAALAILEILE4CC266 - 300266 - 300
1132GLNGLNILEILE3EE301 - 344301 - 344
2132GLNGLNILEILE3CC301 - 344301 - 344
113PROPROPROPRO5BB10 - 3410 - 34
213PROPROPROPRO5GG10 - 3410 - 34
123LYSLYSTYRTYR4BB35 - 4235 - 42
223LYSLYSTYRTYR4GG35 - 4235 - 42
133PHEPHELYSLYS5BB43 - 5143 - 51
233PHEPHELYSLYS5GG43 - 5143 - 51
143GLNGLNASPASP2BB52 - 6652 - 66
243GLNGLNASPASP2GG52 - 6652 - 66
153LEULEUHISHIS3BB85 - 10685 - 106
253LEULEUHISHIS3GG85 - 10685 - 106
163METMETTYRTYR4BB130 - 181130 - 181
263METMETTYRTYR4GG130 - 181130 - 181
173SERSERALAALA3BB182 - 219182 - 219
273SERSERALAALA3GG182 - 219182 - 219
183PHEPHEILEILE2BB220 - 236220 - 236
283PHEPHEILEILE2GG220 - 236220 - 236
193LEULEUVALVAL4BB237 - 329237 - 329
293LEULEUVALVAL4GG237 - 329237 - 329
1103LYSLYSTHRTHR3BB330 - 345330 - 345
2103LYSLYSTHRTHR3GG330 - 345330 - 345
114PROPROGLUGLU5DD10 - 4110 - 41
214PROPROGLUGLU5FF10 - 4110 - 41
124ARGARGLEULEU4DD54 - 6554 - 65
224ARGARGLEULEU4FF54 - 6554 - 65
134LEULEULEULEU4DD85 - 11085 - 110
234LEULEULEULEU4FF85 - 11085 - 110
144METMETTHRTHR4DD130 - 170130 - 170
244METMETTHRTHR4FF130 - 170130 - 170
154METMETARGARG5DD171 - 180171 - 180
254METMETARGARG5FF171 - 180171 - 180
164TYRTYRALAALA4DD181 - 219181 - 219
264TYRTYRALAALA4FF181 - 219181 - 219
174PHEPHEPHEPHE2DD220 - 239220 - 239
274PHEPHEPHEPHE2FF220 - 239220 - 239
184THRTHRPROPRO4DD240 - 262240 - 262
284THRTHRPROPRO4FF240 - 262240 - 262
194ILEILELEULEU5DD263 - 291263 - 291
294ILEILELEULEU5FF263 - 291263 - 291
1104GLUGLUPROPRO4DD292 - 322292 - 322
2104GLUGLUPROPRO4FF292 - 322292 - 322
1114GLUGLUTHRTHR3DD323 - 345323 - 345
2114GLUGLUTHRTHR3FF323 - 345323 - 345

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Geranyl diphosphate synthase


分子量: 37844.316 Da / 分子数: 8 / 断片: residues in UNP 76-422 / 変異: E178A,Q179A,E281A,K282A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AtNPPPS, gpps / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9FT89, UniProt: Q5HZ00*PLUS, ヘプタプレニル二リン酸シンターゼ

-
非ポリマー , 6種, 719分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-FPP / FARNESYL DIPHOSPHATE / ファルネシル二りん酸 / ファルネシル二リン酸


分子量: 382.326 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O7P2
#4: 化合物 ChemComp-ISY / 3-methylbut-3-enylsulfanyl(phosphonooxy)phosphinic acid / Isopentyl S-Thiolodiphosphate / P′-チオ二りん酸S-(3-メチル-3-ブテニル)


分子量: 262.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S
#5: 化合物
ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸 / ピロリン酸塩


分子量: 177.975 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 18%(w/v) PEG3350, 0.17M Sodium thiocyanate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月13日
放射モノクロメーター: Horizontally Focusing Single Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.944
11-H-K, K, -L20.056
反射解像度: 2.65→30 Å / Num. obs: 83662 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 78.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 21336 / % possible all: 97.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3APZ

3apz


解像度: 2.65→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / WRfactor Rfree: 0.2721 / WRfactor Rwork: 0.2224 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7657 / SU B: 25.823 / SU ML: 0.245 / SU Rfree: 0.0799 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 4284 5.1 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.2247 83456 98.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.01 Å2 / Biso mean: 77.543 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.33 Å20 Å20 Å2
2---24.33 Å20 Å2
3---48.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19483 0 248 695 20426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02219926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.99226939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.19252529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.94223.812821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.18153547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.76915158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.23268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4591.512645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.907220238
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.44237281
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5214.56701
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A700TIGHT POSITIONAL0.030.05
1A1467MEDIUM POSITIONAL0.040.5
1A227LOOSE POSITIONAL0.055
1A700TIGHT THERMAL0.060.5
1A1467MEDIUM THERMAL0.062
1A227LOOSE THERMAL0.0710
2E636TIGHT POSITIONAL0.030.05
2E1562MEDIUM POSITIONAL0.070.5
2E193LOOSE POSITIONAL0.055
2E636TIGHT THERMAL0.070.5
2E1562MEDIUM THERMAL0.072
2E193LOOSE THERMAL0.0710
3B432TIGHT POSITIONAL0.040.05
3B1394MEDIUM POSITIONAL0.10.5
3B426LOOSE POSITIONAL0.115
3B432TIGHT THERMAL0.080.5
3B1394MEDIUM THERMAL0.092
3B426LOOSE THERMAL0.0710
4D172TIGHT POSITIONAL0.030.05
4D1638MEDIUM POSITIONAL0.050.5
4D358LOOSE POSITIONAL0.065
4D172TIGHT THERMAL0.070.5
4D1638MEDIUM THERMAL0.092
4D358LOOSE THERMAL0.0810
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 263 -
Rwork0.279 5597 -
all-5860 -
obs-21336 94.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8689-0.9162.8270.8137-0.9845.0192-0.41940.4920.8521-0.1135-0.1645-0.2377-0.56040.48130.58390.5085-0.2075-0.13980.35130.2170.385-46.70533.5993.949
23.2368-1.30341.41271.2356-0.770.9243-0.04670.2603-0.0608-0.11660.01830.06140.13270.0480.02850.4913-0.0685-0.0270.46370.06360.0564-29.2938.69723.146
34.08221.6250.51022.40430.54652.07490.1002-0.42580.2380.4299-0.2814-0.0626-0.1886-0.16670.18120.4003-0.0774-0.05880.379-0.02140.0448-79.15620.0971.747
41.66380.76651.1111.45150.32510.930.1629-0.1152-0.28290.2477-0.0381-0.20660.12790.1108-0.12470.4358-0.06450.00360.6506-0.0820.117-96.039-8.67-10.611
53.60321.6507-0.17232.4606-0.83011.8960.0336-0.3333-0.41580.3703-0.3122-0.16370.21590.12980.27850.4079-0.10240.07030.4238-0.01380.4033-40.657-25.723-1.548
61.99320.7394-1.68591.0628-0.63721.56740.1567-0.2668-0.18620.1536-0.22070.095-0.2265-0.02530.0640.4724-0.032-0.01960.62120.10510.2555-24.6013.414-13.768
72.2804-0.8876-1.13411.37190.38491.0586-0.02460.2385-0.1009-0.1119-0.0006-0.1513-0.0951-0.01810.02530.4453-0.04490.00980.3755-0.07390.1065-87.677-15.91224.955
82.5869-0.7046-2.38751.05491.13455.2322-0.33710.5976-0.6321-0.1461-0.14940.10590.494-0.60090.48640.5395-0.25130.16190.4214-0.25640.4464-72.689-39.1792.787
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 348
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 348
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 347
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 348
5X-RAY DIFFRACTION5E8 - 347
6X-RAY DIFFRACTION6F9 - 348
7X-RAY DIFFRACTION7G8 - 348
8X-RAY DIFFRACTION8H8 - 347

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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