PDB-3a1y: The structure of archaeal ribosomal stalk P1/P0 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3a1y

タイトル

The structure of archaeal ribosomal stalk P1/P0 complex

要素

50S ribosomal protein P1 (L12P)リボソーム
Acidic ribosomal protein P0

キーワード

RIBOSOMAL PROTEIN / stalk / helix spin /

Ribonucleoprotein (核タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

translational elongation / large ribosomal subunit rRNA binding /

リボソーム生合成 /

リボソーム / structural constituent of ribosome /

翻訳 (生物学) /

ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Naganuma, T. / Yao, M. / Nomura, N. / Yu, J. / Uchiumi, T. / Tanaka, I.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for translation factor recruitment to the eukaryotic/archaeal ribosomes
著者: Naganuma, T. / Nomura, N. / Yao, M. / Mochizuki, M. / Uchiumi, T. / Tanaka, I.

履歴

登録	2009年4月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年1月15日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3a1y.cif.gz	126.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3a1y.ent.gz	99.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3a1y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/3a1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/3a1y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1w9c-d 2ped-2 2g87-2 3i5p-d 6kub-1 6kuc-1 1ow6-d 3qvc-2 2iiq-d 2hpy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (7) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (7) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (3) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 50S ribosomal protein P1 (L12P)

B: 50S ribosomal protein P1 (L12P)

C: 50S ribosomal protein P1 (L12P)

D: 50S ribosomal protein P1 (L12P)

E: 50S ribosomal protein P1 (L12P)

F: 50S ribosomal protein P1 (L12P)

G: Acidic ribosomal protein P0

68.6 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.880, 104.429, 136.223
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	50S ribosomal protein P1 (L12P) / リボソーム / 50S ribosomal protein L12P 分子量: 6240.134 Da / 分子数: 6 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 1-58 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH1998 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O57705
#2: タンパク質	Acidic ribosomal protein P0 / L10E / Acidic ribosomal protein P0 homolog 分子量: 31155.617 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 1-284 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH1999 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O74109
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M MgCl2, 0.1M Na-Acetate trihydrate, 6-10% PEG 6000, pH 4.2-4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K PH範囲: 4.2-4.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月11日
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→50 Å / Num. all: 44207 / Num. obs: 44207 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 38.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / R_sym value: 0.106 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 2.13→2.21 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.408 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4052 / R_sym value: 0.408 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
OASIS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.13→34.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 9.806 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	3131	7.1 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
all	0.223	44207	-	-
obs	0.223	44207	99.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.241 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→34.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4298	0	0	429	4727

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.994	5876
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.18	5	551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.273	26.452	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.973	15	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.148	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	2332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	3026
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.207	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.672	1.5	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.104	2	4437
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.812	3	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.859	4.5	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.131→2.186 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	210	-
R_work	0.228	2754	-
obs	-	2754	91.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4872	0.6046	-1.1645	5.9935	-1.8888	5.1077	0.2437	-0.2868	0.2959	0.3882	-0.3502	-0.4341	-0.4361	0.2334	0.1066	-0.0902	-0.0701	0.0501	-0.1449	-0.0675	-0.0439	39.5578	61.8265	109.179
2	1.339	0.4004	0.5495	4.1711	1.1593	2.9228	0.1233	0.0128	0.0958	0.1417	-0.1095	0.2599	0.1292	0.0135	-0.0138	-0.1314	0.0146	0.0205	-0.066	0.0125	-0.0915	41.3444	28.1471	93.3429
3	1.4498	-0.2555	0.0793	1.728	1.0844	3.7041	0.0666	0.1371	-0.1111	0.196	0.1127	-0.0555	0.4505	0.2537	-0.1793	0.0208	0.0769	-0.1442	-0.09	-0.0138	-0.0917	38.5605	5.4194	73.1313
4	1.9925	-0.7249	0.3415	3.3158	-0.2451	2.7408	0.1065	0.1304	-0.0851	-0.1955	0.0468	-0.3379	0.2911	0.2474	-0.1533	-0.1233	0.029	-0.0157	-0.01	-0.0671	-0.0908	34.3415	8.6683	43.0414

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	G	1 - 207
2	X-RAY DIFFRACTION	2	G	208 - 233
3	X-RAY DIFFRACTION	2	E	1 - 58
4	X-RAY DIFFRACTION	2	F	1 - 58
5	X-RAY DIFFRACTION	3	G	234 - 259
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 56
7	X-RAY DIFFRACTION	3	D	1 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	4	G	260 - 283
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1 - 58
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 58

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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