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万見
- PDB-2y1z: Human alphaB Crystallin ACD R120G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2y1z
タイトルHuman alphaB Crystallin ACD R120G
要素ALPHA-CRYSTALLIN B CHAINCRYAB
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / SMALL HEAT SHOCK PROTEIN / STRESS PROTEIN / EYE LENS PROTEIN / CATARACT (白内障)
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / cardiac myofibril / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye ...microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / cardiac myofibril / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye / muscle organ development / actin filament bundle / HSF1-dependent transactivation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / stress-activated MAPK cascade / synaptic membrane / muscle contraction / response to hydrogen peroxide / cellular response to gamma radiation / negative regulation of cell growth / Z disc / unfolded protein binding / フォールディング / response to estradiol / amyloid-beta binding / response to heat / protein refolding / perikaryon / microtubule binding / 樹状突起スパイン / リソソーム / protein stabilization / response to hypoxia / 神経繊維 / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / 細胞膜 / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular exosome / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin B chain, ACD domain / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like ...Alpha-crystallin B chain, ACD domain / Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-crystallin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Clark, A.R. / Bagneris, C. / Naylor, C.E. / Keep, N.H. / Slingsby, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of R120G Disease Mutant of Human Alphab-Crystallin Domain Dimer Shows Closure of a Groove
著者: Clark, A.R. / Naylor, C.E. / Bagneris, C. / Keep, N.H. / Slingsby, C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of Alpha-Crystallin Domain Dimers of Alphab-Crystallin and Hsp20.
著者: Bagneris, C. / Bateman, O.A. / Naylor, C.E. / Cronin, N. / Boelens, W.C. / Keep, N.H. / Slingsby, C.
履歴
登録2010年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN
B: ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7676
ポリマ－21,2942
非ポリマー4734
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-45.9 kcal/mol
Surface area10020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.730, 60.730, 100.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUGLUGLUAA70 - 1057 - 42
21LEULEUGLUGLUBB70 - 1057 - 42
12ARGARGVALVALAA116 - 14553 - 82
22ARGARGVALVALBB116 - 14553 - 82

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.996, -0.088, 0.032), (-0.086, 0.994, 0.062), (-0.037, 0.059, -0.998)
ベクター: 60.047, 1.95, 15.329)

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-CRYSTALLIN B CHAIN / CRYAB / ALPHAB-CRYSTALLIN / ALPHA(B)-CRYSTALLIN / HEAT SHOCK PROTEIN BETA-5 / HSPB5 / RENAL CARCINOMA ...ALPHAB-CRYSTALLIN / ALPHA(B)-CRYSTALLIN / HEAT SHOCK PROTEIN BETA-5 / HSPB5 / RENAL CARCINOMA ANTIGEN NY-REN-27 / ROSENTHAL FIBER COMPONENT


分子量: 10646.999 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA-CRYSTALLIN DOMAIN (ACD), RESIDUES 67-157 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02511
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 120 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 137 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 120 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 137 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 120 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 137 TO SER
配列の詳細R120G IS A DISEASE ASSOCIATED MUTATION L137M TO ALLOW CRYSTALISATION. ALPHA-CRYSTALLIN DOMAIN ONLY. ...R120G IS A DISEASE ASSOCIATED MUTATION L137M TO ALLOW CRYSTALISATION. ALPHA-CRYSTALLIN DOMAIN ONLY. HUMAN ALPHAB CRYSTALLIN ACD(RESIDUES 67-157)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.4
詳細: PROTEIN AT 16.5 MG/ML IN BUFFER (25 MM TRISHCL, PH 7.5, 25 MM NACL) WAS MIXED 1:1 WITH MOTHER LIQUOR (36% MPD, 0.18M POTASSIUM CHLORIDE)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
111.000H, 1.000K, L10.53
11-1.000H, -1.000K, L20.47
反射解像度: 2.5→46.6 Å / Num. obs: 7582 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 43.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN ALPHA-CRYSTALLIN DOMAIN RESIDUES 71- 157

解像度: 2.5→36.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 18.426 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24052 788 10.4 %RANDOM
Rwork0.17335 ---
obs0.18047 6777 96.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.194 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.51 Å20 Å20 Å2
2--6.51 Å20 Å2
3----13.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1340 0 32 14 1386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0211416
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9641.9781915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3385176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.64223.71470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40515243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0551512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2131.5862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.4121395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6623554
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1284.5517
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 495 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.415
2Bloose positional0.415
1Aloose thermal2.4950
2Bloose thermal2.4950
LS精密化 シェル解像度: 2.499→2.563 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 58 -
Rwork0.219 469 -
obs--93.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5770.3762-1.85952.2609-0.63512.5683-0.02030.041-0.04420.0177-0.05370.01670.09870.01690.0740.0695-0.0067-0.01920.0601-0.03520.035323.8861-12.264916.8092
22.0483-0.7175-1.13111.42920.80621.6936-0.01350.0401-0.08670.0423-0.0278-0.0799-0.0595-0.16540.04130.07620.0213-0.0330.08710.03390.069636.8936-10.6911-3.1666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A67 - 151
2X-RAY DIFFRACTION2B65 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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