PDB-2xex: crystal structure of Staphylococcus aureus elongation factor G

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2xex

タイトル

crystal structure of Staphylococcus aureus elongation factor G

要素

ELONGATION FACTOR G

EF-G

キーワード

TRANSLATION (翻訳 (生物学)) /

GTPASE (GTPアーゼ) /

BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成)

機能・相同性

機能・相同性情報

translation elongation factor activity /

GTPase activity / GTP binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chen, Y. / Koripella, R.K. / Sanyal, S. / Selmer, M.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2010
タイトル: Staphylococcus Aureus Elongation Factor G - Structure and Analysis of a Target for Fusidic Acid.
著者: Chen, Y. / Koripella, R.K. / Sanyal, S. / Selmer, M.

履歴

登録	2010年5月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2xex.cif.gz	273.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2xex.ent.gz	220.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2xex.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/2xex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/2xex	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fnmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4m1k-d 4myt-d 1efg-d 3vmf-d 5h7j-1 3axk-d 6xr5-2 7dc8-1 2bm1-d 2bm0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (19) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (19) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (12) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (5) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (7)

登録構造単位

A: ELONGATION FACTOR G

B: ELONGATION FACTOR G

ヘテロ分子

154 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ELONGATION FACTOR G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ELONGATION FACTOR G

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.160, 137.340, 125.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ELONGATION FACTOR G / EF-G / RIBOSOMAL ELONGATION FACTOR G / EF-G / 85 KDA VITRONECTIN-BINDING PROTEIN 分子量: 76699.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P68790
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.68 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→46.2 Å / Num. obs: 110987 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 3.71 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 16.5
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.56 % / R_merge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 78.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0072	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FNM

1fnm

解像度: 1.9→46.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 7.506 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	4777	4.1 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
obs	0.188	110987	92.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.13 Å²	0 Å²	-1.19 Å²
2-	-	-1.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10352	0	4	509	10865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	10533
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.527	1.965	14237
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.042	5	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.891	24.855	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.87	15	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.641	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7960
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.945	1.5	6627
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.672	2	10684
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.685	3	3906
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.36	4.5	3553
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	300	-
R_work	0.299	6536	-
obs	-	-	78.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0175	0.7134	0.5392	2.1561	0.3033	1.4188	0.1799	-0.0567	-0.1563	0.0883	-0.0292	-0.0949	0.268	-0.0073	-0.1507	0.0586	-0.0068	-0.0381	0.0037	0.0074	0.0281	35.1632	-2.3913	65.8257
2	0.9433	-0.0487	0.4012	2.5715	0.0165	2.483	0.0281	0.033	0.1237	0.0796	-0.0616	-0.1475	-0.2416	0.0476	0.0335	0.0434	-0.0234	0.0329	0.1011	-0.0208	0.1157	47.9338	25.3349	63.6284
3	3.3657	-0.2804	1.5759	2.9211	0.3893	6.6184	-0.2371	-0.6009	0.449	0.3477	0.0954	0.0248	-0.3373	-0.4153	0.1416	0.0897	0.041	0.0159	0.154	-0.0911	0.1254	22.4721	36.0364	59.5039
4	1.1346	1.5252	-0.7748	4.3879	-2.5792	1.5761	0.0025	-0.0375	0.0453	0.2797	-0.0936	-0.0525	-0.2535	0.0983	0.0911	0.2554	-0.0607	-0.0645	0.0706	0.0573	0.0667	28.5313	51.0329	31.2062
5	0.4774	0.1408	0.2298	1.9529	0.1904	0.8648	0.011	0.0035	0.0143	-0.0462	-0.0046	-0.0235	-0.0632	0.07	-0.0064	0.0116	-0.011	0.0171	0.0742	-0.0055	0.0566	20.5003	13.7933	42.3481
6	0.6196	-0.2134	0.1276	1.8868	-0.079	1.5707	-0.0117	0.0435	0.0146	0.0234	0.0418	-0.0324	-0.1372	-0.0056	-0.0301	0.0323	0.0254	0.0095	0.0432	-0.0033	0.022	15.6584	17.7553	0.1063
7	0.4775	-0.1557	0.6895	3.1104	0.1686	3.3215	0.0536	0.0077	-0.0883	-0.0938	-0.0292	-0.2154	0.4314	0.1548	-0.0244	0.1043	0.0759	0.0241	0.1154	-0.0408	0.1357	28.3681	-9.6061	-4.0398
8	3.0791	2.0588	0.4305	3.0306	0.8513	3.9596	-0.1579	0.2975	-0.2775	-0.3878	0.173	0.0955	0.4972	-0.3428	-0.0151	0.1675	-0.071	-0.0494	0.0771	-0.0413	0.1045	9.1061	-20.6075	13.0412
9	1.7039	-2.303	0.2632	4.167	-0.6852	0.3242	0.0975	0.0352	-0.0558	-0.2244	-0.031	0.2129	0.2092	-0.0001	-0.0665	0.1909	0.0293	-0.0229	0.0444	0.012	0.024	28.8822	-35.3027	33.3222
10	0.2389	-0.1283	0.2221	2.2983	0.1086	1.3796	0.0203	0.0402	-0.0477	-0.0976	-0.0616	0.0153	-0.0308	-0.0229	0.0413	0.015	0.0034	0.0086	0.0559	-0.0061	0.0466	16.0672	1.5769	28.096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 280
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	288 - 400
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	405 - 482
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	483 - 605
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	674 - 691
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	606 - 673
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 280
8	X-RAY DIFFRACTION	7	B	288 - 400
9	X-RAY DIFFRACTION	8	B	405 - 482
10	X-RAY DIFFRACTION	9	B	483 - 605
11	X-RAY DIFFRACTION	9	B	674 - 691
12	X-RAY DIFFRACTION	10	B	606 - 673

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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