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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x2a | ||||||
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タイトル | Free acetyl-CypA trigonal form | ||||||
要素 | PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE A | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / HIV-1 / HOST-VIRUS INTERACTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / leukocyte chemotaxis / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / endothelial cell activation / virion binding / Basigin interactions / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / protein peptidyl-prolyl isomerization / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein dephosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / activation of protein kinase B activity / 好中球 / negative regulation of protein phosphorylation / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / Assembly Of The HIV Virion / negative regulation of protein kinase activity / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / 凝固・線溶系 / 血小板 / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / フォールディング / Platelet degranulation / cellular response to oxidative stress / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / response to hypoxia / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / apoptotic process / Neutrophil degranulation / protein-containing complex / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Lammers, M. / Neumann, H. / Chin, J.W. / James, L.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010 タイトル: Acetylation Regulates Cyclophilin a Catalysis, Immunosuppression and HIV Isomerization. 著者: Lammers, M. / Neumann, H. / Chin, J.W. / James, L.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2x2a.cif.gz | 159.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2x2a.ent.gz | 133.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2x2a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/2x2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/2x2a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18077.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P62937, プロリルイソメラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.14 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→27.8 Å / Num. obs: 83025 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: その他 開始モデル: NONE 解像度: 1.4→57.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.477 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.132 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→57.95 Å
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拘束条件 |
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