PDB-2vdw: Guanosine N7 methyl-transferase sub-complex (D1-D12) of the vacci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vdw

タイトル

Guanosine N7 methyl-transferase sub-complex (D1-D12) of the vaccinia virus mRNA capping enzyme

要素

MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT
VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

NUCLEOTIDYLTRANSFERASE /

S-ADENOSYL-L-METHIONINE (S-アデノシルメチオニン) / RNA METABOLISM /

MRNA PROCESSING (転写後修飾) /

METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) /

POXVIRUS (ポックスウイルス科) /

HYDROLASE (加水分解酵素) / MRNA CAPPING /

S-ADENOSYL HOMOCYSTEINE (S-アデノシル-L-ホモシステイン) / D1-D12 HETERODIMER / METHYL-TRANSFERASE /

MRNA CAPPING ENZYME / MULTIFUNCTIONAL ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

inorganic triphosphate phosphatase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase /

polynucleotide 5'-phosphatase activity /

virion component / DNA-templated transcription termination /

mRNA guanylyltransferase activity /

mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

VACCINIA VIRUS (ワクチニアウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

De la Pena, M. / Kyrieleis, O.J.P. / Cusack, S.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural Insights Into the Mechanism and Evolution of the Vaccinia Virus Mrna CAP N7 Methyl- Transferase.
著者: De La Pena, M. / Kyrieleis, O.J.P. / Cusack, S.

履歴

登録	2007年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb2vdw.ent.gz	770.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vdw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/2vdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/2vdw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ual-1 1gog-d 5oo7-d 6e5a-1 4i3z-2 5h9d-1 5nev-2 2uzb-1 4ixt-d 3wvk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT

B: MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT

C: VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT

D: MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT

E: VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT

F: MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT

G: VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT

H: MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT

ヘテロ分子

275 kDa, 8 ポリマー
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1

A: VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT

B: MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT

D: MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT

F: MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.8 kDa, 2 ポリマー
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4

G: VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT

H: MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.890, 61.020, 225.780
Angle α, β, γ (deg.)	94.22, 92.95, 108.26
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	VAL	VAL	1	A	A	563 - 666	21 - 124
2	1	GLY	GLY	VAL	VAL	1	C	C	563 - 666	21 - 124
1	2	GLY	GLY	ARG	ARG	1	E	E	563 - 844	21 - 302
2	2	GLY	GLY	ARG	ARG	1	G	G	563 - 844	21 - 302
1	3	MET	MET	LYS	LYS	1	B	B	1 - 88	1 - 88
2	3	MET	MET	LYS	LYS	1	D	D	1 - 88	1 - 88
1	4	THR	THR	LEU	LEU	1	H	H	124 - 287	124 - 287
2	4	THR	THR	LEU	LEU	1	F	F	124 - 287	124 - 287
1	5	MET	MET	ARG	ARG	1	H	H	1 - 92	1 - 92
2	5	MET	MET	ARG	ARG	1	F	F	1 - 92	1 - 92
1	6	THR	THR	LEU	LEU	1	B	B	124 - 287	124 - 287
2	6	THR	THR	LEU	LEU	1	D	D	124 - 287	124 - 287
1	7	LYS	LYS	ARG	ARG	1	A	A	671 - 844	129 - 302
2	7	LYS	LYS	ARG	ARG	1	C	C	671 - 844	129 - 302
1	8	ASP	ASP	ALA	ALA	1	B	B	97 - 105	97 - 105
2	8	ASP	ASP	ALA	ALA	1	D	D	97 - 105	97 - 105
1	9	LYS	LYS	ASP	ASP	1	B	B	108 - 115	108 - 115
2	9	LYS	LYS	ASP	ASP	1	D	D	108 - 115	108 - 115
1	10	ALA	ALA	SER	SER	1	F	F	98 - 104	98 - 104
2	10	ALA	ALA	SER	SER	1	H	H	98 - 104	98 - 104
1	11	ARG	ARG	ARG	ARG	3	F	F	106 - 114	106 - 114
2	11	ARG	ARG	ARG	ARG	3	H	H	106 - 114	106 - 114

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.314267, -0.949334, -0.001133), (-0.949335, -0.314267, 1.7E-5), (-0.000372, 0.00107, -0.999999)	-0.2583, -0.3616, -54.4296
2	given	(0.884017, -0.059359, 0.46367), (-0.016912, 0.987194, 0.158624), (-0.467148, -0.148068, 0.871693)	-12.1819, 13.3997, -59.176
3	given	(0.336242, -0.819562, -0.463961), (-0.941718, -0.298057, -0.15598), (-0.010452, 0.489367, -0.872015)	-37.6043, 4.6511, -106.4154

#1: タンパク質	VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D1 SUBUNIT 分子量: 34760.551 Da / 分子数: 4 断片: C-TERMINAL METHYL-TRANSFERASE DOMAIN, RESIDUES 545-844 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ADDITIONAL GLY-ALA PRECEDING ASP545 OF D1 由来: (組換発現) VACCINIA VIRUS (ワクチニアウイルス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P04298, mRNA guanylyltransferase
#2: タンパク質	MRNA-CAPPING ENZYME SMALL SUBUNIT / MRNA-GUANINE-N / 7- METHYLTRANSFERASE / MRNA CAP METHYLTRANSFERASE / VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME ...MRNA-GUANINE-N / 7- METHYLTRANSFERASE / MRNA CAP METHYLTRANSFERASE / VACCINIA VIRUS CAPPING ENZYME D12 SUBUNIT 分子量: 33396.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) VACCINIA VIRUS (ワクチニアウイルス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS 参照: UniProt: P04318, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
非ポリマーの詳細	SULFATE ION (SO4): FROM CRYSTALLISATION MEDIUM
配列の詳細	ADDITIONAL GA AT N-TERMINUS OF CONSTRUCT FROM CLEAVABLE HIS-TAG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 10% PEG 4000, 0.1 M HEPES PH 6.5, 0.2 M LITHIUM SULPHATE, 0.3 M AMMONIUM SULPHATE, 5MM ADOHCY, 5MM GDP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97626
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→48.4 Å / Num. obs: 75699 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.87 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.31
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 1.83 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / % possible all: 79.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→48.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.904 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.866 / SU B: 32.826 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.385 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	3818	5 %	RANDOM
R_work	0.223	-	-	-
obs	0.225	71880	89.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0.04 Å²	-0.05 Å²
2-	-	-1.34 Å²	-0.18 Å²
3-	-	-	1.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18637	0	159	0	18796

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	19166
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	13190
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.258	1.975	25866
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.851	3	32084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.513	5	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.059	23.749	891
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.977	15	3507
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.703	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	2899
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	20742
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4022
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	4007
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	13395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	9327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	10518
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	403
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.156	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.24	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.134	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.466	1.5	14790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.551	2	18542
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.878	3	9320
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.349	4.5	7324
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1356	tight positional	0.02	0.05
2	E	3644	tight positional	0.02	0.05
3	B	1212	tight positional	0.02	0.05
4	H	2298	tight positional	0.02	0.05
5	H	1283	tight positional	0.02	0.05
6	B	2298	tight positional	0.02	0.05
7	A	2400	tight positional	0.02	0.05
8	B	88	tight positional	0.03	0.05
9	B	146	tight positional	0.02	0.05
10	F	69	tight positional	0.02	0.05
11	F	54	tight positional	0.03	0.05
11	F	116	loose positional	0.45	5
1	A	1356	tight thermal	0.05	0.5
2	E	3644	tight thermal	0.05	0.5
3	B	1212	tight thermal	0.04	0.5
4	H	2298	tight thermal	0.05	0.5
5	H	1283	tight thermal	0.05	0.5
6	B	2298	tight thermal	0.05	0.5
7	A	2400	tight thermal	0.05	0.5
8	B	88	tight thermal	0.06	0.5
9	B	146	tight thermal	0.03	0.5
10	F	69	tight thermal	0.07	0.5
11	F	54	tight thermal	0.07	0.5
11	F	116	loose thermal	0.55	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.392	254
R_work	0.329	4727

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5526	-0.678	0.1827	1.9782	-0.4739	3.2113	0.046	-0.0637	0.0268	-0.1687	0.016	0.0465	0.0959	-0.0934	-0.0619	-0.1679	0.0066	0.0015	-0.2595	0.0069	-0.1898	3.7523	-11.0017	11.1943
2	2.8427	0.6305	0.0233	3.2864	-0.435	2.315	-0.0193	0.0838	-0.0126	-0.228	0.0697	-0.0301	-0.2539	-0.1723	-0.0504	0.0065	0.0766	-0.0282	-0.183	-0.0126	-0.2527	-4.8841	11.3324	-12.0077
3	2.2587	-0.3577	-0.3032	1.3436	0.1473	3.1985	0.0632	-0.0934	-0.0036	-0.0676	-0.0066	0.0242	-0.1124	0.1273	-0.0566	-0.2674	-0.0504	0.0147	-0.168	-0.014	-0.185	11.3466	-0.3817	-65.6226
4	2.5974	0.997	-0.3501	3.2469	-0.1656	2.5558	0.1684	-0.1378	0.0496	0.201	-0.0991	0.0894	-0.073	-0.3622	-0.0693	-0.232	-0.0112	0.0352	0.0462	-0.0407	-0.2277	-12.5371	0.772	-42.4313
5	2.0146	-0.9418	0.1331	3.1848	-0.1381	2.815	-0.1491	-0.3124	-0.1543	0.5008	0.2543	0.0863	0.2586	-0.1979	-0.1051	0.0639	0.0592	0.0313	-0.1212	0.03	-0.1422	-17.8061	-35.3169	64.3779
6	3.5839	0.662	1.331	2.0197	0.1426	2.9178	-0.0279	0.0504	0.2245	0.1026	0.0502	-0.0208	-0.328	0.0378	-0.0223	-0.0858	0.0805	0.0336	-0.2582	-0.0088	-0.1989	-15.5632	-9.3862	44.1314
7	3.9953	-0.4895	0.214	1.5505	0.2272	2.9423	0.1231	0.5766	0.1501	-0.223	-0.0474	-0.0792	-0.2648	0.2633	-0.0757	-0.1633	-0.0371	0.0338	0.0578	0.0509	-0.1263	27.507	27.3338	-118.5753
8	1.532	0.0536	-0.1854	3.7864	1.0707	2.7326	-0.0662	0.0481	-0.0645	0.0066	0.0851	0.1745	0.1512	-0.2322	-0.0189	-0.3029	0.0083	0.0158	-0.0365	0.0221	-0.1927	3.9752	17.6592	-98.4558

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	545 - 844
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 287
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	545 - 844
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 287
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	545 - 844
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 287
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	545 - 844
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 287

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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